用基因芯片研究as2o3诱导k562细胞前后差异表达基因

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1、用基因芯片研究As2O3诱导K562细胞前后差异表达基因作者：郭秋野，马文丽，冯春琼，吴清华，彭翼飞，郑文岭【关键词】基因芯片；三氧化二砷；凋亡；差异表达基因　　[摘要]目的研究三氧化二砷（As2O3）处理K562细胞前后，基因表达的变化。方法提取As2O3作用K562细胞前后的总RNA，逆转录成cDNA并用Cy3标记对照组，Cy5标记处理组，与自制的包含162个cDNA片段的K562芯片杂交。结果K562细胞经As2O3作用后，162个基因片段的表达都有所降低，其中25个基因片段的表达降低较为显著（Cy5

2、/Cy3<0.5）。这些表达下调的基因片段包括转导因子、代谢酶、信号通路蛋白、激酶等，有6个差异表达基因与细胞的凋亡通路密切相关。As2O3可能通过抑制胰岛素样生长因子的功能，诱导细胞凋亡。结论应用自制的基因芯片筛选到了As2O3诱导K562细胞前后差异表达的基因，主要与细胞凋亡密切相关。[关键词]基因芯片；三氧化二砷；凋亡；差异表达基因Abstract:ObjectiveToidentifythedifferenceingeneexpressionprofileofK562cellsinducedb

3、yarsenictrioxide.MethodsTheprobesabout200bp-500bpderivedfromPCRamplifiedproductsicroscopeslidestoproduce30×18microarrays.TotalRNAer,andCy5dCTPorCy3dCTPforexperimentalandcontrolsamples,respectively.ThenthelabeledcDNAsicroarraysat42℃for12-18h.Themicroarrayse

4、ntaldataongthe540spottedmicroarray,25genesetabolicemzymes,signaltransductionprotEinsandkinasesetc.Furtheranalysisrevealedabout6genesonstratedthatthecDNAmicroarraycontractedbyuscouldsuccessfullyapplytoanalysistheexpressionprofileofhundredsofgenesandscreenth

5、edifferentialexpressiongenes.Keyicroarray;arsenictrioxide;apoptosis;differentialexpressiongene白血病是危害人类健康的恶性疾病之一。临床和基础研究表明As2O3可用于临床治疗急性早幼粒细胞性白血病（APL）[1]，在体外对多种肿瘤细胞株，都能有效地抑制细胞生长，诱导细胞凋亡。一般认为As2O3是通过维甲酸信号通路、激活Caspase酶家族和干扰肿瘤血管生成而发挥诱导细胞凋亡的作用。基因芯片技术，是近年发展起来的平行检

6、测数以万计基因表达的有利工具，本实验应用自制的基因芯片，研究As2O3诱导K562细胞前后细胞基因表达的改变，筛选差异表达的基因。1材料与方法1.1材料RPMI1640细胞培养基购自GBL公司，精制小牛血清购自Hyclone公司，As2O3购自Sigma公司，溶于120mmol/L的NaOH溶液中，配成1mmol/L的贮备液，4℃贮存；总RNA提取试剂盒Trizol购自上海博彩生物工程公司，SuperScriptII购自GBL公司。2×预杂交溶液：25%甲酰胺，5×SSC，0.1%SDS；清洗溶液I：2×S

7、SC，0.1%SDS；溶液II：0.1×SSC，0.1%SDS；溶液III：0.1×SSC。Pixsys5500芯片打印仪购自Cartesian公司，ScanArrayLite芯片扫描仪及其分析软件Quantarray购自GsiLumonics公司，玻片及芯片杂交盒购自Corning公司。1.2方法1.2.1细胞培养K562细胞在含10%小牛血清，青霉素、链霉素各100U/ml的RPMI1640培养基中，37℃，5%CO2常规培养。1.2.2细胞处理及凋亡检测细胞以1×105个/ml接种，在对数生长期加入A

8、s2O3，使其终浓度为4μmol/L，常规培养24h后，提取细胞DNA，1.5%琼脂糖凝胶电泳检测。1.2.3样品制备K562细胞培养基中加入As2O3，继续培养4h后，离心收获细胞，参照Trizol试剂盒的方法，提取细胞总RNA。取总RNA40μg，用SuperScriptII逆转录成cDNA第一链，用Cy3标记对照组，Cy5标记处理组，PCR产物纯化试剂盒纯化后溶于30μlTE中。真空抽干，重溶于5μl水中。