基因芯片技术筛选辛伐他汀作用k562细胞的差异表

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1、基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表【关键词】K562细胞辛伐他汀基因芯片　　研究证实辛伐他汀能抑制慢性粒细胞白血病细胞增殖并诱导其凋亡，但其作用机理尚不明确.本实验采用基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因，以探讨其作用机制.　　1材料和方法　　1.1材料　　　　辛伐他汀购自中国药品生物制品检定所，K562细胞购自四川大学华西免疫室，基因芯片检测由北京博奥完成.　　1.2方法　　1.2.1基因芯片筛选差异表达基因20μmol/L辛伐他汀作用48h后收集K562细胞，提取总RNA，以Cy3,Cy5为荧光染料，按照文献［1］制备荧光标记cDNA，等量混合

2、处理组和对照组荧光标记cDNA,与芯片杂交后洗涤，激光扫描仪扫描芯片，分析差异表达基因，取四张芯片共同的差异表达基因作为本次实验的结果.　　1.2.2定量RTPCR验证差异表达基因随机选取芯片结果中有差异表达的基因AXUD1,TNFRSF9,以βactin为内对照，分别用对照组和处理组cDNA为模板，采用定量RTPCR对芯片结果进行验证.　　2结果　　2.1差异表达基因的筛选利用GenePixPro4.0分析Cy3与Cy5的比值，一般认为比值在0.50~2.0范围内的基因不存在显著的差异表达，而在该范围之外的基因则被认为表达出现显著改变.本实验以Ratio>2.0为基

3、因表达上调，Ratio<0.50为基因表达下调.辛伐他汀作用K562细胞后，基因芯片检测发现共有176条基因表达发生明显改变，包括16条未知基因表达改变.其中151条基因表达上调，25条基因表达下调，部分差异表达基因见表1.表1辛伐他汀作用K562细胞后部分差异表达基因（略）　　2.2差异表达基因的验证定量RTPCR结果表明,处理组K562细胞中AXUD1,TNFRSF9的相对含量较对照组显著增加，处理组与对照组的Ratio值分别为5.03和20.4，表明定量RTPCR验证的基因表达变化趋势与表达谱芯片的结果相吻合.　　2.10S100P:S100钙结合蛋白P;ILK:

4、整和素连接激酶;SKP2:S期激酶相关蛋白2(p45);CDKN1A:细胞周期素依赖激酶抑制剂1A(p21);DDIT3:DNA损伤诱导转录因子3;TNFAIP3:肿瘤坏死因子诱导蛋白3;MIPEP:线粒体中间肽酶;AXUD1:AXIN1上调蛋白;DUSP1:双特异性磷酸酶1;PPP1R15A:蛋白磷酸酶1调控因子15A;SOCS1:JAK结合蛋白;TNFRSF9:肿瘤坏死因子受体超家族，成员9;TNFRSF10B:肿瘤坏死因子受体超家族，成员10B;BNIP3L:BCL2/腺病毒E1B19kD结合蛋白样.　　3讨论　　研究证实他汀类药物具有抗肿瘤作用［2-4］，提示他汀类药物在

5、肿瘤治疗方面具有广阔的应用前景.辛伐他汀是他汀类药物中的一种，研究发现辛伐他汀可抑制K562细胞增殖并诱导其凋亡，但其作用机理目前尚不明确.本实验采用基因芯片筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因，结果发现，约0.8%的基因具有2倍表达水平的差异.同时定量RTPCR验证的AXUD1,TNFRSF9基因表达变化趋势与表达谱芯片结果相吻合，证明基因芯片在研究其作用机理方面具有可靠性和可行性.根据基因功能的不同，初步将差异表达基因分为凋亡相关、信号传导相关、细胞周期相关和代谢相关等几大类，其中MIPEP，SKP2等基因表达下调，而OPTN，BNIP3L，CDKN1A等基因表达上调

6、.这些表达差异的基因与辛伐他汀抑制K562细胞增殖并诱导其凋亡的分子机制可能存在较大的关系，我们将辅以其它的方法进一步深入研究.【