亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析.pdf

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1、第31卷第1期生物学杂志Vo1．3lNo．12014年2月JOURNALOFBIOLOGYFeb，2014doi：10．3969／j．issn．2095—1736．2014．O1．001亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析侯士昌，崔玉琳，温少红，唐志红，秦松(1．烟台大学生命科学学院，山东烟台264003；2．中国科学院烟台海岸带研究所，山东烟台264003)摘要：基因是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因，编码光和系统Ⅱ反应中心的D1蛋白。根据叶绿体基因组序列高度保守的特性，利用菜茵衣藻(Chlamydomonasreinhardtii)psbA基因的保守序列(基

2、因登录号：HQ667991．1)设计引物，采用PCR步移的方法从亚心型扁藻(Platymonassubcordiformis)基因组DNA中克隆到psbA基因全长(基因登录号：KF528742)。序列分析表明，亚心型扁藻psbA基因全长1939bp，编码区长度为1062bp，推导编码353个氨基酸，包括4个赖氨酸残基。有效密码子数显示psbA基因具有明显的密码子偏好性，并且偏好使用以A／T结尾的密码子。相对同义密码子使用度表明25个密码子在编码使用时具有偏好性，其中20个密码子以A／T碱基结尾．占到80％。其终止密码子使用了TAG。关键词：亚心型扁藻(Platymonas

3、subcordiformis)；PCR步移；psbA基因；序列分析中图分类号：Q943．2文献标识码：A文章编号：2095～1736(2014)01—0001—04CloningandsequenceanalysisofpsbAgenefragmentfromthechloroplastofPlatymonassubcordiformisHOUShi—chang，CUIYu．1in，WENShao．hong，TANGZhi—hong，QINSong(1．CollegeofLifeSciences，YantaiUniversity，Yantai264003；2．Yantai

4、InstituteofCoastalZoneResearch，ChineseAcademyofSciences，Yantai264003，China)Abstract：ThepsMgenecodingforD1proteininphotosyntheticⅡreactioncentreisoneoftheimportantlight—regulatedgenesinthechloroplastgenome．AccordingtoconservedmotifofthehomologousnucleotidesequenceofpsMofChlamydomonasreinha

5、rdtii(Gen·Bankaccessionnumber：HQ667991．1)byusinggenomewalking，1939bpfragmentwasamplifiedfromthegenomeofPlatymonassub—cordiformis(GenBankaccessionnumber：KF528742)．Resultsshowedthatthecodingregionhad1062bpand353aminoacidswerededucedincluding4lysines．Theeffectivenumberofcodonsshowedthatcodon

6、biasexistedinthepsbAgene．ThecodonsendingwithA／Twerefrequentlyused．Synonymouscodonusageanalysisshowedthat25codonswerepreferredbythepsbAgenecodingDNAse—quenee(CDS)，and20codonsendingwithA／T，accountingfor80％oftheentireCDS．TheterminatorcodonwasTAG．Keywords：Platymonassubcordiformis；genomewalkin

7、g；gene；sequencinganalysis亚心型扁藻(Platymonussubcordiformis)是一种海动物育苗中广为应用。此外，亚心型扁藻在药用研洋产的单细胞浮游藻类，属衣藻科、扁藻属。亚心型扁究]、化合物毒性评估及光合放氢等方面同样具藻因具有适应能力强，繁殖速度快，适口性好，必需氨有广阔的开发空间。基酸含量高及自身能够合成并富集高浓度多不饱和脂psbA基因是光合作物叶绿体基因组中的一个重要肪酸(polyunsaturatedfattyacids，PUFA)⋯等特点，是光调控基因，编码光系统Ⅱ反应中心的核心蛋