prrsvxjprrsv103株结构蛋白基因的克隆与序列分析

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1、新疆农业大学硕士学位论文PRRSV-XJPRRSV1/03株结构蛋白基因的克隆与序列分析姓名：马伟申请学位级别：硕士专业：预防兽医学指导教师：冉多良20080501摘要本研究从培养好的PRRSVXJPRRSVI／03株提取总RNA，参考VR2332和CH．1Q株基因序列，设计6对引物GP2．1，GP2．2、GP3．1／GP3．2、GP4．1／GP4-2、GP5．1／GP5．2、M1蹦2、N1／N2，应用RT-PCR方法分段扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)XJPRRSVI／03株的结构蛋白基因。分别克隆到pMD．18T载体和pGM-T载体并进行测序。

2、应用DNAstar生物学软件对所测得的序列进行处理后，得到XJPRRSVI／03株的GP2、GP3、GP4、GP5、M、N基因ORF全长分别为771m、765nt、537nt、603nt、525nt和372nt，分别编码256，254，178，200，174和123个氨基酸。将此6个基因序列分别与国内外已发表的VR．2332．RespPRRSMLV，BJ-4和欧洲型代表株LV等17个毒株相应基因序列进行了同源性比较。结果发现ⅪPRRSvl硒3株与美洲型毒株GP2蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为92．7．99．7％和91．1．i00％，与欧洲型代

3、表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为65．2和63．7％；XJPRRSVI／03株与美洲型毒株GP3蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为90．3．95．7％和87．5．95．3％，与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为73．4和75％；ⅪPRRSvI／03株与美洲型毒株GP4蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为90．0．99．8％和88．9．100％，与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为67．8％；XJPRRSVI／03株与美洲型毒株GP5蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为

4、89．7．95％和88．3．97．5％，与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为“．2和58．9％；ⅪPRRSVI／03株与美洲型毒株M基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为94．3．99．8％和97．2．100％，与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为68．6和78．9％；XJPRRSVI／03株与美洲型毒株N基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为93．3—97．3％和93．6．99．2％，与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为67．4％和64．8％。同源性分析显示，XJPRRSVI／03株

5、与S1，VR．2332，RespPRRSMLV,CC．1和BJ-4韵同源性非常高，而XJPRRSVI／03与欧洲型代表株LV同源性非常低。构建的系统发育树分析，XJPRRSVI／03与S1，VR．2332，RespPRRSMLV,CC．1和BJ．4株亲缘关系比较密切。从而表明XJPRRSVI／03株属于美洲型毒株。关键词：PRRSV：克隆；结构蛋白基因；生物信息学；ⅡIAbstractIn．thisstudy,thetotalRNAofcells．PRRSVwasextracted，accordingtoVR2332andCH·lastrain，design

6、edsixpairersGP2-1／GP2—2，GP3—1／GP3-2，GP4-1／GP4—2，GP5—1／GP5·2，M1／M，N1／N2，structuralproteingenesfragmentsofporcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus(PRRSV)XJPRRSVI／03strainwereamplifiedbyRT-PCR，clonedintopMD-18TvectorandpGM-Tvectorandsequenced．ProcessedthesequencesbyDNAstarsoftwa

7、re，obtainedthelengthofstructuralgenesequenceis771，765，537，603，524and372nucleotides(nts)，encodin9256，254，178，200，174and123aminoacids,respectively．ComparisionofthehomologyamongVR一2332，RespPRRSRESPPRRSMLV，BJ．4，Lelystadvims(LV)andother17strainsofPRRSV，theresultsshownthatthehomologyofnu

8、cleotidesequencesanddeduce