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时间:2019-02-25
《prrsvxjprrsv103株结构蛋白基因的克隆与序列分析》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、新疆农业大学硕士学位论文PRRSV-XJPRRSV1/03株结构蛋白基因的克隆与序列分析姓名:马伟申请学位级别:硕士专业:预防兽医学指导教师:冉多良20080501摘要本研究从培养好的PRRSVXJPRRSVI/03株提取总RNA,参考VR2332和CH.1Q株基因序列,设计6对引物GP2.1,GP2.2、GP3.1/GP3.2、GP4.1/GP4-2、GP5.1/GP5.2、M1蹦2、N1/N2,应用RT-PCR方法分段扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)XJPRRSVI/03株的结构蛋白基因。分别克隆到pMD.18T载体和pGM-T载体并进行测序。
2、应用DNAstar生物学软件对所测得的序列进行处理后,得到XJPRRSVI/03株的GP2、GP3、GP4、GP5、M、N基因ORF全长分别为771m、765nt、537nt、603nt、525nt和372nt,分别编码256,254,178,200,174和123个氨基酸。将此6个基因序列分别与国内外已发表的VR.2332.RespPRRSMLV,BJ-4和欧洲型代表株LV等17个毒株相应基因序列进行了同源性比较。结果发现ⅪPRRSvl硒3株与美洲型毒株GP2蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为92.7.99.7%和91.1.i00%,与欧洲型代
3、表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为65.2和63.7%;XJPRRSVI/03株与美洲型毒株GP3蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为90.3.95.7%和87.5.95.3%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为73.4和75%;ⅪPRRSvI/03株与美洲型毒株GP4蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为90.0.99.8%和88.9.100%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为67.8%;XJPRRSVI/03株与美洲型毒株GP5蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为
4、89.7.95%和88.3.97.5%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为“.2和58.9%;ⅪPRRSVI/03株与美洲型毒株M基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为94.3.99.8%和97.2.100%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为68.6和78.9%;XJPRRSVI/03株与美洲型毒株N基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为93.3—97.3%和93.6.99.2%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为67.4%和64.8%。同源性分析显示,XJPRRSVI/03株
5、与S1,VR.2332,RespPRRSMLV,CC.1和BJ-4韵同源性非常高,而XJPRRSVI/03与欧洲型代表株LV同源性非常低。构建的系统发育树分析,XJPRRSVI/03与S1,VR.2332,RespPRRSMLV,CC.1和BJ.4株亲缘关系比较密切。从而表明XJPRRSVI/03株属于美洲型毒株。关键词:PRRSV:克隆;结构蛋白基因;生物信息学;ⅡIAbstractIn.thisstudy,thetotalRNAofcells.PRRSVwasextracted,accordingtoVR2332andCH·lastrain,design
6、edsixpairersGP2-1/GP2—2,GP3—1/GP3-2,GP4-1/GP4—2,GP5—1/GP5·2,M1/M,N1/N2,structuralproteingenesfragmentsofporcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus(PRRSV)XJPRRSVI/03strainwereamplifiedbyRT-PCR,clonedintopMD-18TvectorandpGM-Tvectorandsequenced.ProcessedthesequencesbyDNAstarsoftwa
7、re,obtainedthelengthofstructuralgenesequenceis771,765,537,603,524and372nucleotides(nts),encodin9256,254,178,200,174and123aminoacids,respectively.ComparisionofthehomologyamongVR一2332,RespPRRSRESPPRRSMLV,BJ.4,Lelystadvims(LV)andother17strainsofPRRSV,theresultsshownthatthehomologyofnu
8、cleotidesequencesanddeduce
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