广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

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1、广西大学硕士学位论文广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析姓名：吴显实申请学位级别：硕士专业：预防兽医学指导教师：余克伦;罗廷荣2003.5.1广两人学硕士毕业论义广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析摘要根据已发表的猪瘟病毒(0IassicaISwineFeverVirUS，CSFV)Shimen株、HOLV株和Paderborn株的全基因组序列，设计并合成11对引物，应用RT-PCR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株6XWZ02的全基因组，并将这11个基因片段克隆到pGEM-T和PMDl8-T载体上，测定其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vec

2、torNTfSuite6将11个基因片段进行拼接，确认OSFVGXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸。将OSFVGXWZ02株与国内外已发表的shimen、HOLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfortl87、Paderborn、CS、ALD、GPE、P97、LPO毒株进行全基因组序列r和推定的氨基酸序列比较。l结果显示，核苷酸同源性分别为854％、84．6％、、887％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、953％、857％、854％、834％、843％，推定的氨基酸序列同源性分别为926％、917％、94

3、．2％、93{％、929％、923％、93．O％、97．7％、92．6％、93．O％、92．6％、90．5％、906％。GXWZ02与shimen、HOLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列同源性有明显变异，表明GXWZ02与shimen、HOLV在遗传性和抗原性上存在较大差异曩系统发育树分析表明，所比较的14株CSFV被分为两个群，GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群I，其余的11个毒株被归为群II，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXWZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，

4、结果显示，基因NS5A、E2、NS2、Ern。的遗传变异程度大，而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。关键词：猪瘟病毒、基因组、序列分析、GXWZ02株殳硅实厂‘蹦猪瘟流行毒株全基吲组的兜降与』}刘分析CLONINGANDSEQUENCEANALYSISOFGENoMEoFCLASSICALSWINEFEVERVIRUSEPIDEMICINGUANGXIABSTRACTAccordingtothepublishednucleotideSeqUenCeSofgenomeofclassicalswinefevervirus(CSFV)strainsshimen

5、，HCLVandPaderborn，l{pairsofspecificprimersweredesignedandsynthesized．ElevenfragmentshadbeensuccessfullyamplifiedfromCSFVGXWZ02strainbyRT-PCR，TheseamplifiedfragmentswereclonedintopGEM—TorPMDl8一Tandsequenced．Assemblyofsequencesofthe1fragmentsintoacontiguoussequencewasdoneusingVectorNTISu

6、ite6software，the12296nucleotidesequencewascomfirmedingenomeofGXWZ02strain．ComparisonofthegenomicnucleotidesequenceandthededucedaminoacidsequenceofGXWZ02withthatofShimen，HCLV．39，Brescia，Eystrup，Glentorf,Alfortl87，Paderborn，CS，ALD，GPEl，P97andLPC，showedthatthenucleotidehomologieswere85．4％

7、，84．6％，88．7％，85．7％，85．7％，85_3％，85．6％，95。3％，85．7％，85．7％，85．4％，83．4％and84．3％，respectively,theaminoacidsequencehomologieswere92．6％，91．7％，94．2％，93．1％，92，9％，92-3％，93，O％，97．7％，92．6％，93．O％，92．6％，90．5％and90．6％，respectively+Thehomologiesofgenomicnucleotidesequenceanddeducedaminoacidsequenceof