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《雷蒙德氏棉argonaute基因家族的生物信息学预测与分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、棉花学报CottonScience2014袁26渊5冤院411~419雷蒙德氏棉基因家族的生物信息学预测与分析*刘国元袁吴嫚袁于霁雯袁裴文锋袁喻树迅渊中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室袁河南安阳455000冤摘要院Argonaute(AGO)蛋白是参与小RNA调控通路的重要元件袁在生命体的生长发育过程中发挥着重要作用遥本研究利用AGO蛋白的保守域在雷蒙德氏棉基因组中进行同源比对袁鉴定出15个成员袁并对其进行进化关系尧染色体定位尧基因结构尧保守域尧时空表达模式等分析遥结果表明院该家族成员
2、基因长度从3335到9086bp不等袁其中11个基因被定位到7条染色体上曰该家族成员可分为3个亚族袁包含5个小组袁各亚族内尧小组间成员也存在很高的保守性曰发现每个基因都有不同的时空表达模式袁且各小组内成员之间存在协同和互补2种表达模式袁找到在花器官特异表达的基因1个袁胚珠中特异表达的基因3个遥本文首次对棉花中基因家族进行了鉴定和生物信息学分析袁为进一步研究基因家族在棉花中的功能奠定了基础遥关键词院雷蒙德氏棉曰基因家族曰基因结构曰表达模式中图分类号院S562.035.3文献标志码院A文章编号院1002-
3、7807(2014)05-0411-09*LiuGuoyuan,WuMan,YuJiwen,PeiWenfeng,YuShuxun渊455000,)Argonaute(AGO)proteinsplayaveryimportantroleinsmallRNA-regulatedpathwaysrelatedtogrowthanddevelop-ment,defenseagainstvirus,histogenesis,cellproliferation,andapoptosis.Weidentified
4、15AGOfamilymembersinthe()genome,andusedanalysesofphylogeneties,genestructure,domains,andmotifstoshowthatthisfamilyishighlyconserved.Thegenefamilymembersvariedfrom3335to9086bpinlength,and11geneswerelocatedinsevenchromosomes.Thefamilycanbedividedintothree
5、groups.Eachgenehasaspecificexpressionpatternindif-ferenttissues,withonegeneexpressedinflower,threegenesinovule.Thisidentificationandbioinformaticsanalysislaysthefoundationsforthefuturestudyofgenefamilyin.;genefamily;genestructure;expressionpatternArgona
6、ute(AGO)蛋白是RNA诱导的沉默复的抑制以及在转录或转录后水平上控制转座元[1]合体渊RNA-inducedsilencingcomplex袁RISC冤的核件的移动等遥AGO蛋白属于一个在进化上保守心元件袁在所有已知的小RNA的沉默通路中都的蛋白家族袁含有PAZ和PIWI结构域袁主要通发挥着关键的作用袁与小RNA共同调节基因水过与小RNA结合发挥作用遥平的表达袁参与发育尧组织形成尧细胞增殖和凋AGO蛋白的发现最早源于拟南芥遥Bohmert亡尧病毒防御等各种调节途径遥此外袁AGO蛋白发现拟南芥AG
7、O1的突变株外观很像一种小乌在原生动物中能指导大核形成过程中DNA的删贼袁因此将该突变株命名为Argonaute袁对应基因[2]除袁在真菌和植物中可以指导异染色质的组装袁命名为1曰后来随着越来越多的AGO蛋在动植物中能对靶mRNA进行切割或翻译水平白的发现袁人们用最初确定的AGO1蛋白的名称收稿日期院2014-03-03作者简介院刘国元渊1990-冤袁男袁硕士研究生袁cjqm1989@126.com曰*通迅作者袁yu@cricaas.com.cn基金项目院国家自然科学基金渊31301367冤曰国家97
8、3计划渊2010CB126006冤曰国家863计划渊2012AA101108冤412棉花学报26卷[3][4]作为AGO蛋白家族的统一名称遥Yigit等根据近轴区表达袁而AtAGO1在生长的组织中普遍表[13-14]AGO蛋白系统进化关系以及他们结合小RNA达遥另外AtAGO6在DNA甲基化和转录水平[15]的能力对植物尧动物和真菌中代表物种的AGO基因沉默功能上与AtAGO4也有部分冗余遥总蛋白家族成员进行了分类袁将所有AGO蛋白归之袁拟南芥中和水稻中
