雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布-论文.pdf

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1、瞧HEREDITAS(Beijing)2013年10月，35(10)：1226—1236ISSN0253-9772www．chinagene．ca研究报告DoI：1O．3724／SP．J．1005．2013．01226雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布孙高飞，一，何守朴，杜雄明1．中国农业科学院棉花研究所，棉花生物学国家重点实验室，安阳455000；2．安阳工学院计算机科学与信息工程学院，安阳455000摘要：随着雷蒙德氏棉(Gossypiumraimondii)基因组草图的完成，相关的基因

2、组学研究已经全面展开。文章利用已公布的雷蒙德氏棉和拟南芥基因组序列，结合顺式作用元件(cis．regulatoryelement，cRE)数据库PLACE中的CRE序列信息，对两个物种中带有5'UTR注释的基因启动子上游1000bp序列进行CRE扫描和统计。结果表明，雷蒙德氏棉和拟南芥基因组中分别有44(12-3％)和57(15．5％)个CRE在启动子的特定位置呈峰状分布，其中在两个基因组均呈峰状分布的有34个，这些CRE又可以根据核心序列分为4大类。TATABOX类CRE顶峰在启动子中出现的位置和其真实

3、位置(—一30bp)具有一致性，预示CRE真实位置在不同基因启动子中相对保守，从而推测本研究中呈峰状分布CRE的顶峰位置可能就是转录因子和该CRE结合的真实位置。而同一CRE在两个基因组中存在的位置差异则主要源于雷蒙德氏棉基因的5'UTR长度变异大于拟南芥。另外，文章还发现绝大多数峰状分布的CRE的位置都集中在一110bp～0bp之间，这种集中的分布可能更有利于转录因子之间相互作用，从而调控下游基因的表达。关键词：雷蒙德氏棉；全基因组；顺式作用元件Analysisofc／s-regulatoryeleme

4、ntdistributioningenepromotersofGossypiumraimondiiandArabidopsisthalianaSUNGao．Fei’-，HEShou．Pu，DUXiong．Ming1．StateKeyLaboratoryofCottonBiology，InstituteofCottonResearch，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Anyang455000，China；2．DepartmentofComputerSciencean

5、dlnformationEngineering,AnyanglnsfituwofTechnology,Anyang455000，ChinaAbstract：CottongenomicstudieshaveboomedsincethereleaseofGossypiumraimondiidraftgenome．Inthisstudy,cis-regulatoryelement(CRE)in1kblengthsequenceups~eam5UTRofannotatedgeneswereselectedands

6、cannedintheArabidopsisthaliana(，4f)andGossypiumraimondii(Ggenomes，basedonthedatabaseofPLACE(Plantcis-actingRegulatoryDNAElements)．Accordingtothedefinitionofthisstudy,44(12．3％)and57(15．5％)CREspresented收稿日期：2013-04—07；修回日期：2013—07—22基金项目：国家科技支撑计划项目(编号：2O13B

7、ADO1BO3)资助作者简介：孙高飞，硕士，副教授，研究方向：棉花生物信息学。E．mail：sungaofei@sina．com何守朴，硕士，助理研究员，研究方向：棉花种质资源学。E．mail：zephyr0911@126．com孙高飞和何守朴同为第一作者。通讯作者：杜雄明，博士，研究员，研究方向：棉花种质资源学。E．mail：dujeffrey8848@hotmail．~om网络出版时间：2013-8-618：48：36URL：http：／／www．cnki．net／kcms／detail／11．191

8、3．R．20130806．1848．002．html第10期孙高飞等：雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布1231—20bp和一40bp，比TATABOX类更靠近TSS(表3)。的转录因子大部分与脱落酸、植物激素等生长发育其中NODCON2GM的总数最大，而CTRMCAMV35S调控有关。的P值最大，分布强度高。该类CRE在启动子中分(4)其他峰状分布CRE布也非常广泛，同时位置也比较保守。根据已有的除了上述3种能