家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析.pdf

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1、2014，40(2)：0216—0222ISSN0257—4799；CN32—1115／SE—mail：CYKE@chinajourna1．net．cn家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析查幸福殷志明周春燕李俊龙张李颖向仲怀夏庆友(家蚕基因组生物学国家重点实验室，农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点实验室，西南大学生物技术学院，重庆400715)摘要启动子是基因的重要组成部分，决定mRNA的转录，从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据，鉴定了1341条家蚕启动子序列。序列

2、分析显示，在启动子～500～200bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA—box)、起始子(Inr)、CAAT框(CAAT—box)和GC框(GC—box)等元件分别在256、453、200、334个启动子中被鉴定出，前3种元件集中分布于启动子一500~200bp区间，第4种元件主要分布在一1600—一300bp上游较远处。进一步利用家蚕芯片表达谱数据发现23个启动子为精巢偏向表达基因的启动子顺式元件分析这些精巢偏向表达启动子中含有6个高频率基序(motif)，其中3个motif在精巢偏向表达启

3、动子中的出现频率显著高于对照组，暗示这3个motif在精巢偏向表达基因的转录调控中可能起着重要作用。关键词家蚕基因组；启动子；结构特征；精巢偏向表达；顺式元件中图分类号$881．2：Q811．4文献标识码A文章编号0257—4799(2014)O2—0216—07PredictionofSilkwormPromotersandAnalysisofPromoterCis-elementsforTestis-biasedGeneExpressionBasedonMicroarrayExpressionPr,o)ftileDat—aZ

4、HAXing—FuYINZhi—MingZHOUChun—YanLIdun—LongZHANGLi—YingXIANGZhong—HuaiXIAQing—You(StateKeyLaboratoryofSilkwormGenomeBiology，TheKeyLaboratoryforSericultureFunctionalGenomicsandBio—technologyofAgriculturalMinistry，CollegeofBiotechnology，SouthwestUniversity，Chongqing4007

5、15，China)AbstractPromoteriSanimportantcomponentofgenesthatdetermineslhetranscriptionofmRNAlOachievetheor—derlydevelopmentanddifferentiationoforganisms．Inpresentstudy．weidentified1341promotersinsilkworm(Bom—byxmori)genomicandfull—lengthcDNAsequencedatabasesSequenceana

6、lysisshowedthatGCcontentandATcontenthadoneandtwopeakvaluesinthepromoterregionfr0m一500to200bp．respectivelyElementsofTATA—box．Initiator(Imr)，CAAT—boxandGC—boxwerepresentin256，453，200and334promoters，respectively．ThefirstthreeelementsweredominantlyIocatedinlheregionfrOm一

7、500to200bp．andthe1astelementwasmostlyIocatedallheupstreamfarfrOm一1600to一300bp．Silkworm—basedgenomicmicroarraydatashowedthat23promotersareforles—tis—biasedgeneexpression．Cis—elementanalysisjndicatedfhafthesepromotersforfestis—biasedexpressionhad6pre一dominantmotifs，amo

8、ngwhich3motifshadsignificantlyhigheroccurrencethanthepromotersfornon—tissue收稿日期：2013-06—18接受日期：2013-08-01specificexpression，suggest