基于表达数据家蚕启动子鉴定分析

《基于表达数据家蚕启动子鉴定分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、中文摘要基于表达数据的家蚕启动子鉴定分析生物化学与分子生物学专业硕士研究生殷志明指导教师夏庆友教授摘要启动子是基因转录调控的重要元件，决定了mRNA的时空转录，从而实现生物的有序分化发育过程。研究启动子的结构和功能，对于基因表达模式、基因调控网络等方面十分重要。由于启动子的重要生物学作用，如何从基因中快速准确地识别出启动子，发现其中包含的信息，已成为功能基因组时代重要课题之一。本研究基于家蚕基因组精细图序列数据、家蚕全长cDNA序列数据以及家蚕5龄3天的基因表达数据，在基因组水平上鉴定了部分基因的启动子序列，预测并分析了精巢特异性基因的启动子上的共有基序(motif)。获得

2、的主要研究结果如下：1鉴定了1341个启动子序列采用BLAST方法比对全长cDNA序列和基因组预测基因，分析发现3137个注释基因具有对应全长cDNA。．应用BLAT程序将这些对应全长cDNA比对基因组精细图序列，获得了1492个基因的候选启动子序列，743个位于正链，749个位于负链。转录起始位点(Tss)分析显示，TSS位点位于起始密码子上游30000bp以内的启动子共有1341个，这些启动子被用来分析启动子的结构特征。2分析了启动子的结构特征参考儆ai的经典标准，我们在113个启动子中发现了CpG岛。在p

3、动子分别含TATA_box、INR、Gc—box和CAAT-b0X等启动子特有的保守元件。这些元件在启动子区域的位置分布具有规律性，集中分布在TSS位点上游1500bp左右。3获得了5个精巢特异启动子的特有顺式元件芯片表达谱数据分析显示，我们所鉴定到1341个启动子对应的基因中有46个基因是在组织中特异表达，其中精巢，卵巢，中肠，马氏管，头部，丝腺，脂肪体特异表达的基因数目分别是23、6、6、4、3、l和l。进一步分析了精巢特异表达基因的启动子的调控元件，获得了10个高频率基序(motif)。经过对照组的调控元件特异性检验，motin，motif5，motif6，西南大学硕

4、七学位论文motif7，motif8在精巢特异表达基因启动子中的出现频率远高于在随机对照组启动子中的频率这暗示这5个motif是精巢的启动予的特异表达调控元件。关键词：家蚕；启动子预测；精巢特异启动子；TFBSAbstractIdenti矗cationa矗dcharacter三zatiGnofIdentl董lCatlOna矗C

5、．C盛araCeer王ZaelGnO：．DromoterSlnSI上k瓢7Crmb：aSeC￡Q：二eXp：‘e01：一3：二．．●●'’'1‘dataCandidate：YinZhimingSupeⅣisor：Pro￡XiaQin影ouABSTRA

6、CTPromotersareimponantelementshgene恤criptionalcontrol，whichaccomplishmereaSonabledi仃er酬ation锄ddeVelopmentoftheo唱a11ismbyregulatethetranScriptionofthemRNA．11leresearchonme蛐n舳J陀柚d血nctionofpromote碣isimponalltforⅡleworkongeneexpressionpa牡em加dregulationneMork．Howtojdenti黟apromoterqujcklyandexac

7、tlyh邪becomingoneofthecrucialtopicsin危nctionalgenomicsemf．or瓶considerablebiologjcal如nctions．B於edonthesilkwomgenomesequences，如ll-lengthcDNAsequences锄dexpressionda协ofthesilkwo咖larval3days5iIlstar，weidemified廿lepromotersequencesofS0megenes，廿1enpredicted锄d矾alyzedtheconSerVedmotifsofthepromoterS

8、oftheteStisspecificexpressedgenesThemainresultsare鼬follows．1．Identi锣134lp阳motersequenc豁．1’tlisworkidentified3137锄otationgenescorrespondillgto龟ll—len舀hcDNAbaLsedontheBLASTof如ll-lengtllcDNAsequencesandpredictedgenes．UsingtheBLATtoalignIIlemthefhll—lengthcDNAsequ