雷蒙德氏棉一段单拷贝序列的fish分析

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1、棉花学报CottonScience2016,28(2):179―183雷蒙德氏棉一段单拷贝序列的FISH分析1111121崔兴雷袁徐俊民袁刘玉玲袁刘方袁高巧丽袁彭仁海袁王春英袁11111*周忠丽袁王星星袁蔡小彦袁王玉红袁王坤波渊1.中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室袁河南安阳455000曰2.安阳工学院袁河南安阳455000冤摘要院雷蒙德氏棉基因组草图的完成为棉花的基础研究奠定基础袁然而该基因组草图仍需要后续的补充和完善遥利用雷蒙德氏棉基因组草图信息袁分别在6条较长染色体的端部选取了4kb的序列遥通过生物信息学分析这些序列在基因组中的拷贝情况袁发现2号染色体一端的序列Ch

2、r2D属于单拷贝序列袁且其内部没有重复序列遥随后以该段序列为探针袁对雷蒙德氏棉有丝分裂中期染色体进行荧光原位杂交袁结果显示在1号染色体和4号染色体的一端有明显的杂交信号袁信号大小远远大于4kb序列所能产生信号的大小袁而信号的强度则比正常的杂交信号暗弱遥试验结果说明该4kb序列Chr2D可能在1号染色体和4号染色体的1个端部有较高的拷贝数袁而信号强度的暗弱则说明该序列在染色体上的分布方式可能为散漫分布遥杂交信号在1号染色体和4号染色体上的相似性说明袁这2对染色体可能有一定的亲缘关系遥该结果将对雷蒙德氏棉基因组草图的补充完善有帮助遥关键词院雷蒙德氏棉曰基因组草图曰荧光原位杂交曰重复序列中图分

3、类号院S562.035文献标志码院A文章编号院1002-7807(2016)02-0179-0510.11963/issn.1002-7807.2016020111111121CuiXinglei,XuJunmin,LiuYuling,LiuFang,GaoQiaoli,PengRenhai,WangChunying,Zhou11111*Zhongli,WangXingxing,CaiXiaoyan,WangYuhong,WangKunbo(1.455000,;2.455000,)Whilethedraftgenomeofprovidesafirmfoundationforcottonf

4、undamentalresearch,itrequiresfurtherworktomakeitcompleteandrobust.Four-kilobyte-longsequenceswereselectedfromterminalsectionsofsixofthelongerchromosomesusingthedraftgenome.Afteranalysisoftheselectedsequencesbybioinformatics,Chr2Dwasfoundtobeasingle-copysequencewithoutrepetitivesequences.Obvioushy

5、bridizationsignalsweredetectedinonetermi-nalregionofchromosomes1and4whensequenceChr2DwasusedasaprobeandmitoticmetaphasechromosomesofwereusedastargetDNA.Thesizeofthesignalissignificantlylargerthana4-kbsequencewouldaccountforwhilethesignalbrightnessisfainterthanthatofnormalhybridizationsignals.This

6、indicatesthatChr2Dmaynotactuallybeasingle-copysequenceandthatthecopynumberofthesequenceinoneterminalregionofchromosomes1and4maybehuge.Thebrightnessofthesignalsuggeststhatthedistributionofrepetitivesequencemaybeloose.Thesimilarityofhybridizationsignalsonchro-mosome1and4showthatthepairofchromosomes

7、maybehomologous.Theseresultswillhelpcomplementthedraftgenomeof.;genomicdraft;FISH;repetitivesequence[2]棉花是世界上重要的纤维经济作物袁也是研组(A―K)和1个四倍体基因组(AD)组成遥其中究细胞遗传学尧植物多倍体化尧基因组结构和基A基因组和D基因组大约分化于670万年以前袁[1]因组进化的模式植物遥棉属由8个二倍体基因经过大约50