兰州鲇_cag_n_gata_n微卫星文库构建与鉴定

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1、第44卷第5期淡水渔业2014年9月Vol.44No.5FreshwaterFisheriesSep.2014兰州鲇(CAG)n、(GATA)n微卫星文库构建与鉴定1，2，31，2，31，2，312，32，31，3魏大为，连总强，吴旭东，张利平，肖伟，赛清云，王发新(1.甘肃农业大学动物科学技术学院，兰州730070;2.宁夏回族自治区水产研究所，银川750001;3.宁夏渔业工程技术研究中心，银川750001)摘要:应用磁珠富集法构建兰州鲇(Siluruslanzhouensis)CAG重复和GATA重复的微卫星文库，并分析其序列特征。兰州鲇基因组DNA经Mse

2、I酶切，选取200～800bp的片段与生物素标记的探针(CAG)8和(GATA)6杂交，捕获到含有微卫星序列的目的DNA片段连接到pMD19-T载体，转化到大肠杆菌DH5α菌株中构建微卫星富集文库，经PCＲ检测筛选出阳性克隆进行测序。从126个阳性克隆中随机选取96个进行测序，获得59个微卫星序列(GenBank登录号:KJ545973～KJ545998，KJ598088～KJ598120)。其中完美型31个(52.54%)、非完美型20个(33.9%)、混合型为8个(13.56%)。根据侧翼序列，成功设计48对引物，选取25对微卫星引物在10个个体进行扩增与多态

3、性筛选，共获得10对多态性引物。结果表明，经优化的磁珠富集法能够高效地获得兰州鲇微卫星标记，这些标记将为兰州鲇种质资源保护、微卫星连锁图谱构建、经济性状的QTL定位及分子标记辅助选育奠定基础。关键词:兰州鲇(Siluruslanzhouensis);磁珠富集;微卫星中图分类号:S917.4文献标识码:A文章编号:1000-6907-(2014)05-0015-06DOI:10.13721/j.cnki.dsyy.2014.05.003Constructionandidentificationof(CAG)nand(GATA)nmicrosatellitesfrom

4、theSiluruslanzhouensisgenome1，2，31，2，31，2，31WEIDa-wei，LIANZong-qiang，WUXu-dong，ZHANGLi-ping，2，32，31，3XIAO-Wei，SAIQing-yun，WANGFa-xin(1.CollegeofAnimalScienceandTechnology，GansuAgriculturalUniversity，Lanzhou730070，China;2.NingxiaFisheriesＲesearchInstitute，Yinchuan750001，China;3.Ningxia

5、EngineeringＲesearchCenterforFisheries，Yinchuan750001，China)Abstract:A(CAG)nand(GATA)nmicrosatelliteenrichedlibraryfromSiluruslanzhouensiswasconstructedbythemag-neticbeadsenrichedmethod．S.lanzhouensisgenomicDNAwasextractedwithrestrictionenzymeMseIdigestion．DNAfragmentsfrom200to800bpwer

6、ecollectedandhybridizedwithbiotinylatedoligoprobes(CAG)8and(GATA)6．These-lectedDNAfragmentswereclonedintothepMD19-TvectorandtransformedintocompetentEscherichiacoliDH5αcells．126positivecolonieswereobtainedthroughtwicescreensbycolonyPCＲ，59ofwhichcontainedmicrosatellites(GenBankAccession

7、Number:KJ545973-KJ545998，KJ598088-KJ598120)．AccordingtoWeber'sclassificationrules，thesemic-rosatellitesweredividedintothreecategories:perfecttype(52.54%)，imperfectrepeattype(33.9%)，andcompoundrepeattype(13.56%)．Foreachuniquesequencesofflankingmotif，wedesigned48pairsofSSＲ-primersandsyn

8、the-s