基于香菇全基因组序列开发部分ssr标记多态性研究和品种鉴定探析

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1、基于香菇全基因组序列开发部分SSR标记多态性研究和品种鉴定探析　　利用香菇（Lentinulaedodes）全基因组序列信息开发的35个香菇SSR（simplesequencerepeat）分子标记用于中国25个香菇品种的鉴定。所选SSR标记共检测出174个条带，各引物检测到的条带数量变化范围为2～12。筛选出的7对SSR引物组合显示了良好的品种特异性鉴定能力，可以有效地鉴定部分国审香菇品种。香菇；全基因组序列；SSR；品种鉴定简单序列重复（simplesequencerepeat，7SSR），又称微卫星DNA，是以2～6个碱基为重复基元的串

2、联重复序列，广泛存在于高等生物的基因组中。在众多的分子标记方法中，基于PCR的SSR标记具有位点特异、共显性、复等位、基因组中分布广泛等特点，成为构建连锁遗传图谱、研究群体遗传学、绘制品种指纹图谱、筛选目标性状分子标记及分子标记辅助育种等的理想工具。在未知基因组序列信息的情况下，一般可从EST序列[1]或通过构建微卫星文库[2，3]开发SSR标记。此过程需构建文库并测序，步骤繁琐、耗时长、开发的标记数量少、难度大、成功率低[4]，限制了SSR技术的普遍应用。与ESTSSR相比，基于全基因组信息开发的SSR类型更多、多态性更高、分布更广泛[5]

3、。随着下一代全基因组测序技术的普及，获得全基因组信息进而开发SSR已经变得十分快捷，其开发与应用将会越来越多。香菇（Lentinulaedodes）是我国十分重要的栽培食用菌，近年来栽培地域、季节得到快速拓展，产量增长较快。香菇栽培的快速发展需要多品种支撑，目前通过国审的香菇品种已经超过20个，各地还有许多同种异名或同名异种的品种在大量使用。为满足不同栽培需求而进行的多品种配套使用很容易造成菌只炻遥现厥被嵊跋煜愎秸I踔辆惹行枰焖佟⒆既返木帧安啊奔ǚ椒ā；谙愎交蜃樾蛄械腟SR标记的开发对于我国香菇资源的遗传结构分析，分子标记辅助育种，我国主栽香

4、菇品种的亲缘关系理清具有重要应用价值。1材料与方法1.1菌株1.2SSR引物开发与合成香菇L135菌株2个原生质体单核体135A、135B及其转色阶段的转录组交由深圳华大基因科技有限公司进行测序，测序采用solexa和454相结合的方法，测序深度为6倍。用SSRhunter1.3软件[6]对香菇基因组中SSR的总数、分布、motif类型等信息进行了分析。利用primerpremier5.0[7]软件，设计了108对SSR引物，委托生工生物工程（上海）有限公司合成。1.3SSR引物扩增片段多态性初步分析7选用香菇栽培菌株L808、香九及另外2株

5、野生菌株HN10Le317、HN10Le318的DNA为模板，对合成的108对SSR引物进行预扩增。将预扩增筛选得到的SSR引物对25株栽培品种和2株野生菌株进行扩增试验。1.4香菇栽培品种鉴定1.6SSR基因型鉴定1.7凝胶电泳及数据分析PCR扩增反应完成后，将12μL1×加样缓冲液加入20μLPCR扩增产物中混匀，于95℃变性5min，结束后置于冰水混合物中冷却3min，点样3μL于6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳，电泳缓冲液为1×TBE，电压1000v，电流200mA，功率200W，电泳45min，银染，显色，拍照，分析结果。2结果与分析2

6、.1香菇基因组测序及SSR引物2.2SSR引物多态性选用香菇栽培菌株L808、香九及另外2株野生菌株HN10Le317、HN10Le318的DNA为模板预扩增结果表明，有79对引物得到扩增产物，其余29对引物未得到扩增产物。将预扩增筛选得到的79对SSR引物对25株栽培品种和2株野生菌株进行扩增试验，发现其中74对引物表现出多态性，大多数标记为单拷贝引物，少数为多拷贝位点引物。72.3香菇栽培品种多位点SSR指纹图谱3讨论与其它类型的分子标记相比，单个SSR位点所能检测到的等位变异的数目是最高的，尤其是基于全基因组信息开发的SSR具有更高的多

7、态性。且在一定长度范围内，SSR的长度与其多态性呈正相关关系[1，9]。与XIAO等[10]基于EST开发的SSR引物进行了比较，发现他们的SSR引物在25份栽培菌株中的多态性很低，24对引物中，只检测到8个多态性标记，其SSR等位片段变化范围为2～6。相对于EST开发的SSR，基于基因组信息所开发的SSR显示出量大、基因组覆盖面广、多态性高的优点。SSR分子标记用于品种鉴定具有操作简单、结果准确的特点，已经用于作物的DUS鉴定[11]和双孢蘑菇（Agaricusbisporus）[12]、黑木耳（Auriculariaauricula）[1

8、3]及糙皮侧耳（Pleurotusostreatus）[4]的品种鉴定。香菇中SSR的信息已经受到研究者关注[14，15]，并有用于香菇野生资源遗传多态性研究的报道