基于梅花鹿基因组的SSR标记筛选与应用研究

《基于梅花鹿基因组的SSR标记筛选与应用研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、分类号：S813.3单位代码：10193密级：公开学号：20150545硕士学位论文基于梅花鹿基因组的SSR标记筛选与应用研究SelectionandapplicationofSSRmarkersbasedonsikadeergenome作者姓名：张正义学位类别：农学硕士专业名称：特种经济动物饲养研究方向：特种经济动物繁育指导教师：鞠贵春所在学院：中药材2018年5月独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是本人在导师指导下，独立进行研究所取得的成果。尽我所知，除文中特别加以标注和致谢所列内容外，论文中不

2、包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得吉林农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。本学位论文所有内容若有不实之处，本人愿意承担一切相关法律责任和后果。学位论文作者签名：签字日期：年月日关于学位论文使用授权的声明1、本人完全了解吉林农业大学有关保留和使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读学位期间所完成的论文及相关成果的知识产权属吉林农业大学所有，并同意将本论文的版权授权给吉林农业大学，学校有权保留

3、送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。2、本人（同意/不同意，务必打印后填写）吉林农业大学将本论文版权授权给不同媒体进行电子出版、多媒体出版、网络出版以及其他形式出版（涉密学位论文解密后应遵守此协议）。3、本人声明毕业后若发表在攻读研究生学位期间完成的论文及相关的学术成果，必须以吉林农业大学作为第一署名单位。学位论文作者签名：签字日期：年月日指导教师签名：签字日期：年月日摘要中国是梅花鹿饲养最早的国家，鹿资源种类十分丰富，但梅花鹿养殖过程中，错

4、误的系谱记录非常普遍，基于梅花鹿基因组测序初步完成来开发微卫星引物，通过分子生物学的方法进行梅花鹿分子标记，为育种繁殖提供理论依据。1、根据梅花鹿基因组从头测序和100个梅花鹿个体重测序结果，采用MISA分析梅花鹿基因组中的SSR位点，选择4碱基重复单元的SSR位点，提取有InDels的SSR区间，用Primer3对筛选出的SSR位点批量设计引物，用设计的引物进行e-PCR，去除非特异性扩增，依据扩增片段在牛染色体中的位置，尽量使筛选的SSR标记覆盖所有染色体，避免位于染色体末端，最终选择100对引物在8

5、个梅花鹿个体进行聚丙烯凝胶电泳，筛选得到31对微卫星引物并进行了多态性验证，其中PIC最小是0.572，一般PIC>0.5认为引物具有高度多态性，可以用于后续群体多样性分析和亲子鉴定。2、筛选得到31对微卫星引物在梅花鹿四个群体进行多态性分析，通过毛细管电泳进行基因分型，分析发现四个梅花鹿群体中共有434个等位基因，平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.6180和0.5254，东大、四平、双阳和东丰的四个群体PIC依次是0.5804，0.5428，0.5715和0.5783，平均群体PIC为0.5683，说

6、明梅花鹿群体遗传多样性丰富。通过分析得到群体间的遗传分歧在0.092（CvsD）到0.158（AvsD）之间，还用Nei’s遗传距离检测了群体间差异和群体内差异来诠释4个群体的遗传分歧和差异程度，结果表明群体间和群体内的遗传差异不大。3、选用31对微卫星对梅花鹿进行PCR扩增，通过峰图比较和cervus软件进行亲子鉴定分析，31对引物在三种模式下的累积排除率都在99.99%以上，每个位点的非父排除率平均值分别是0.6714、0.5134和0.3429，最终确定东大鹿场11对、双阳鹿场2对、四平鹿场4对、左

7、家鹿场17对父子关系和左家鹿场5对母子关系。排除候选父本个体SY-46（SY-198）、SY-12（SY-46）、SY-98（SY-79）、SY-100（SY-507）、SY-307（SY-098、SY-598）和母本个体M48（Z018）。关键词：梅花鹿；微卫星；遗传多样性；亲子鉴定IAbstractChinaistheearliestcountryforsikadeerbreeding.Deerresourcesareveryrich,butwrongpedigreerecordsarecommond

8、uringsikadeerbreeding.Microsatelliteprimersaredevelopedbasedonthepreliminarycompletionofthesikadeergenomesequencing,andmoleculardeersikadeermolecularmarkersareused.Provideatheoreticalbasisforbreedingandbreeding.1.Ba