竹子叶绿体基因组ssr分子标记的开发及其应用

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1、热带亚热带植物学报　2014，22(3)：263~269JournalofTropicalandSubtropicalBotany竹子叶绿体基因组SSR分子标记的开发及其应用11211*杨丽,赵韩生,彭镇华,董丽莉,高志民(1.国际竹藤中心，竹藤科学与技术重点开放实验室，北京100102；2.中国林业科学研究院林业研究所，北京100091)摘要：为探讨观赏竹叶片异质性的机理，根据麻竹(Dendrocalamuslatiflorus)和绿竹(Bambusaoldhamii)叶绿体基因组序列开发SSR分子标记。结果表明，在麻竹和绿竹叶绿体基因组中分别存在87和86个SSR位点，其中三核苷酸重复类型

2、最多，其次为单核苷酸重复类型。根据SSR位点设计21对引物，其中11对引物对6竹种能够扩增出稳定、清晰的条带，且具有多态性，引物有效率达到52.4%。聚类分析表明，6竹种可分为两大类群，与形态学分类结果基本一致。有4对引物在菲白竹(Pleioblastusfortunei)和白纹椎谷笹(Sasaellaglabraf.albo-striata)的花叶中具有多态性，可作为区分观赏竹叶片异质性的分子标记。关键词：竹子；叶绿体SSR；异质性doi:10.3969/j.issn.1005–3395.2014.03.008DevelopmentandApplicationofSSRMolecularMa

3、rkersfromtheChloroplastGenomeofBamboo11211*YANGLi,ZHAOHan-sheng,PENGZhen-hua,DONGLi-li,GAOZhi-min(1.InternationalCenterforBambooandRattan,KeyLaboratoryontheScienceandTechnologyofBambooandRattan,Beijing100102,China;2.ResearchInstituteofForestry,ChineseAcademyofForestry,Beijing100091,China)Abstract:In

4、ordertorevealtheheterogeneitymechanismofornamentalbambooleaves,theSSRmolecularmarkersweredevelopedfromchloroplastgenomeofDendrocalamuslatiflorusandBambusaoldhamii.Theresultsshowedthattherewere87and86SSRlociinchloroplastgenomeofD.latiflorusandB.oldhamii,respectively,inwhichthetrinucleotidetypewasthem

5、ost,followedbymononucleotidetype.BasedonthesequencesofSSRlociinchloroplastgenome,21pairsofSSRprimersweredesigned.Sixbamboospeciescouldbeamplifiedstableandclearbandswithpolymorphismby11pairsofprimers,accountingfor52.4%.Theclusteranalysisindicatedthat6bamboospeciescouldbedividedintotwogroups,whichwasco

6、nsistedwithmorphologicalclassification.Meanwhile,polymorphismbandscouldbeamplifiedindifferentpartsofcolorfulleavesfromPleioblastusfortuneiandSasaellaglabraf.albo-striataby4pairsofprimers.So,itwassuggestedthattheseSSRmarkerscouldbeusedtodistinguishtheleafheterogeneityofornamentalbamboo.Keywords:Bamboo;

7、ChloroplastSSR;Heterogeneity植物叶绿体富含色素，是重要的光合作用细胞成为群体遗传结构、亲缘关系评价、细胞质遗传特器，其DNA以半保留方式进行自我复制，与核基因性、叶绿体单倍型划分等的强有力工具。自Powell[1]组相比，叶绿体基因组为单亲遗传，保守程度高，因等首次开发了大豆(Glycinemax)、水稻(Oryzasativa)此叶绿体DNA的简单重复序列(SSR)分