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1、基因组学与应用生物学，2010年，第29卷，第3期，第534-541页GenomicsandAppliedBiology,2010,Vol.29,No.3,534-541评述与展望ReviewandProgress植物EST-SSR标记开发及其应用张利达*唐克轩上海交通大学农业与生物学院植物生物技术研发中心,上海,200030*通讯作者,zhangld@sjtu.edu.cn摘要随着生物科技的进步，大量的植物表达序列标签(expressedsequencetags,ESTs)已经成为开发SSR标记的重要资源。ES
2、T-SSR作为一种新型分子标记，其多态性可能与基因功能直接相关，而且在相近植物间具有良好通用性，使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降，利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点，并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述，此外，还对EST-SSR标记的
3、计算机开发新策略进行了展望。关键词表达序列标签(ESTs),简单重复序列(SSRs),EST-SSRsDevelopmentofPlantEST-SSRMarkersandItsApplicationZhangLida*TangKexuanPlantBiotechnologyResearchCenter,SchoolofAgricultureandBiology,ShanghaiJiaoTongUniversity,Shanghai,200030*Correspondingauthor,zhangld@sjtu.
4、edu.cnDOI:10.3969/gab.029.000534AbstractWiththedevelopmentofbiotechnology,alargenumberofexpressedsequencetags(ESTs)isavaluableresourcefordevelopmentofSSRmarkersinplants.EST-SSRsareanewkindofmolecularmakersderivedfromtranscriptswithremarkableadvantagesinapplic
5、ationsduetothepotentialrolesingenefunctionandthehighleveloftransferabilitytorelatedspecies.Large-scaleidentificationofpolymorphicEST-SSRsinsilicogreatlyimprovestheefficiencyofmarkerdevelopment.Especially,asthematurationofthenewsequencingtechnologiesandtheshar
6、pdeclineinitssequencingcost,whencombinedwiththenewsequencingtechnologies,theinsilicomethodfortheidentificationofpolymorphicEST-SSRsbasedonthetranscriptomedataproducedbythenewsequencingech-nologieswillhaveabigimpactonthedevelopmentofSSRmarkersinplants.Inthisar
7、ticle,webrieflyintroducethefeatureofEST-SSRsinplantsandcomprehensivelyreviewethestatusonthedevelopmentofEST-SSRmarkersanditsrelativeapplications.Furthermore,wealsoprospectthenewstrategyfordevelopmentofEST-SSRsinsilico.KeywordsExpressedsequencetags(ESTs),Simpl
8、esequencerepeats(SSRs),EST-SSRs简单重复序列(simplesequencerepeats,SSRs)，又限制，长期以来使得SSR标记仅在模式植物或者是称微卫星序列(microsatellites)，大量存在于真核基因经济价值较高的作物上得到开发和应用。随着植物组中。由于多态性高、技术重复性好，易于操作等优表达序列标签(expressedseq
