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1、第29卷第5期水产科学Vol.29No.52010年5月FISHERIESSCIENCEMay2010ESTSSR分子标记在水生动物遗传研究中的应用1111123张琼,刘小林,李喜莲,薛姝雯,辛静静,黄皓,相建海(1.西北农林科技大学动物科技学院,陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100;2.海南南疆生物技术有限公司,海南三亚572000;3.中国科学院海洋研究所,实验海洋生物学开放实验室,山东青岛266071))摘关键要词:ESTSSR;水生动物;遗传育种;分子标记中图分类号:Q789文献标识码:C文章编号:10031111
2、(2010)05030205EST(ExpressedSequenceTag,基因表达序列时,由于部分EST来源于基因的编码区,所以能在标签)是指从cDNA文库中随机挑选单克隆进行测一定程度上直接、真实地标记功能基因,反映真实序,所获得的序列片段,长度一般约60~500bp。的遗传多样性;其次,由于引物设计自保守的侧翼[1]自Adams等首先提出EST计划并测定了609条序列,因此ESTSSR在不同物种间有较好的通用[5]人脑组织的EST以来,EST计划在不同物种,尤其性;而相对于其他EST分子标记,ESTSSR又具是水生动物中得到了不断的扩展和深入
3、的研究。有开发过程简单、成本低、基因定位准确等特点,因三大EST数据库:NCBI的dbEST、TIGR的Gene此,被大量地应用于水生动物新基因的分离鉴定、Index和南非的STACK中都积累了的大量EST比较基因组学研究、遗传图谱构建、基因芯片制备[69]信息。截止2009年8月14日,NCBI数据库已经等方面的研究。目前已获得ESTSSRs标记引收录了1811个物种的、总数达62838171条的物的部分水生动物名单见表2。EST序列(部分水生动物的ESTs数目见表1),丰表1NCBIdbEST数据库中已公布的一些水生动物的EST富的EST资源加快了一系列
4、新型EST分子标记技数目(20090827)术的快速发展,而在基于EST的各种标记中,应用物种名称ESTs数目最广、发展最快的就是ESTSSR(表达序列标签微中国明对虾(Fenneropenaeuschinensis)10507卫星)技术。鲤鱼(Cyprinuscarpio)12877斑点叉尾鮰(Ictaluruspunctatus)3568741ESTSSR标记的主要特点马粪海胆(Hemicentrotuspulcherrimus)285839斑马鱼(Daniorerio)1762415ESTSSR具有微卫星标记的多态性高、呈共牙鲆(Paralich
5、thysolivaceus)9983显性遗传、数量丰富、易于用PCR检测和在基因组虾夷扇贝(Patinopectenyessoensis)14971[24]太平洋牡蛎(Crassostreagigas)29579上分布均匀等特点,又避免了传统方法中构建、青鳉(Oryziaslatipes)666251筛选文库的繁琐步骤和人力物力的大量耗费;同黄金鲈鱼(Percaflavescens)21968表2目前已获得ESTSSRs标记引物的部分水生动物物种ESTs数目引物数定位数文献来源中国明对虾104339Wang[10]凡纳滨对虾(Litopenaeusvan
6、namei)5832112Perez[11]斑节对虾(Penaeusmonodon)10100363Maneeruttanarungroj[12]鲤鱼1008825Wang[13]3212570顾颖[14]黄金鲈鱼222612Zhang[15]马氏珠母贝(Pinctadamartensii)6979130石耀华[16]虾夷扇贝1057020Wang[17]栉孔扇贝(Chlamysfarreri)69357李红蕾[18]海湾扇贝(Argopectenirradians)203811Zhan[19]太平洋牡蛎927218Sauvage[20]马粪海胆1100020Wa
7、ng[21]收稿日期:20090914;修回日期:20091102.基金项目:国家十一五863重点项目(2006AA10A406);中国科学院实验海洋生物学开放课题.作者简介:张琼(1985-),女,硕士研究生,研究方向:水生生物遗传资源学;Email:zasj_14@nwsuaf.edu.cn.通讯作者:刘小林(1961-),男,教授,博士生导师,研究方向:海洋动物遗传育种研究;Email:liuxiaolin@nwsuaf.edu.cn.第5期张琼等:ESTSSR分子标记在水生动物遗传研究中的应用303接、引物设计、PCR扩增和产物检测、分
8、析。此过程
