SSR分子标记在甘蔗遗传育种中的研究现状

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1、SSR标记在作物遗传育种中的应用蓝松涛2012301120022主要内容1、SSR标记技术的原理和特点2、SSR标记技术的技术要点3、SSR标记技术在育种中的应用4、SSR标记技术未来发展分子标记背景分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种较为理想的遗传标记形式，它以蛋白质、核酸分子的突变为基础，检测生物遗传结构及其变异。目前广泛应用的DNA分子标记有三代，分别为第一代的限制性片段长度多态性(RFLP)，随机扩增多态性DNA(RAPD)，第二代的扩增酶切片段长度多态性(AFLP)，简单序列重复长度多态性(SSR)，第三代的单核苷酸多

2、态性(SNP)等。由于SSR标记具有共显性、技术简单、多态性丰富等特点，使得SSR标记在分析遗传多样性和构建品质指纹图谱与品种鉴定方面有着极高的效率，因而ssr被广泛运用于农业育种等方面。SSR的概念SSR(Simplesequencrepeat)标记即简单序列重复。具体一点就是简单的核苷酸序列的重复。在DNA中主要以2～5个核苷酸为重复单位，如(GA)n、(AC)n、(GAA)n等，这个n一般为10-50.由于重复次数n的不同，SSR序列就有不同的长度，这就构成了它的多态性。因此SSR序列非常适合区分各种有亲缘关系的物种基因型。SSR序列广泛分布在

3、几乎所有真核细胞生物及少数原核细胞生物的基因组中，SSR序列的分布是随机的，大约每隔10000-50000个碱基对，就有1个SSR序列。SSR标记技术的原理同一类SSR可分布在基因组的不同位置上。由于SSR中的重复单位数目是高度变异的，且SSR两端的序列一般是相对保守的单拷贝序列，因而根据其两端的序列可设计一对互补序列的寡聚核苷酸引物，通过PCR扩增产生重复序列长度多态性。GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAABCABCSSR标记技术的特点与其他分子标记（AFLP、RAPD、RFLP等）相比，SSR标记具有

4、以下优点：①多态性高。②具有多等位基因的特性，其PCR产物在进行测序胶电泳分离时具有单碱基高分辨率，遗传信息量大。③每个位点由设计的引物顺序决定，便于合作交流开发引物。④由于SSR多态性仅由简单序列的重复次数的差异起，通常为共显性标记，呈孟德尔方式遗传，具有很好的稳定性，因而对个体鉴定具有特殊意义。⑤仅需微量组织，DNA用量少，即使DNA降解也能有效地分析鉴定。⑥技术要求低，易于实现自动化。然而SSR标记技术也有其缺陷：主要在于SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感，所以易受到趋同变异引起的平行演化程度的影响，从而给物种间亲缘关系的评估带来误差。同时

5、SSR是必须针对每个染色体座位测定并找到SSR两端寡聚核苷酸来设计引物，较费时耗力。SSR标记技术的技术要点SSR标记技术的核心技术是引物的设计、PCR扩增、凝胶电泳分析。目前，被用于SSR标记引物设计的方法主要有文库法、富集法、近缘物种间共用引物法、生物信息学法等。文库法是经典的SSR引物设计方法，其过程为：首先建一个基因组文库提取基因组DNA限制性内切酶或超声波处理获得DNA片段将DNA片段接入噬菌体或质粒中用放射性同位素或地高辛标记的含有SSR序列的寡聚核苷酸探针筛选文库对筛选出的阳性克隆测序选择序列较长且SSR序列位点偏向序列中部的SSR序列

6、两端的侧翼序列设计引物（一般为20～25个碱基对）。引物的设计富集法是由文库法改进而来的。首先建一个小插入片段基因组文库，再使用含重复序列的寡核苷酸引物或探针对该基因组文库进行富集筛选，使用筛选出的阳性克隆构建一个富集文库。而后的基因文库筛选、阳性克隆测序和引物设计过程与文库法的一致。近缘物种间共用引物法是指研究者可以使用与目标物种具有较近亲缘关系的其他物种（同科不同属或同属）的SSR序列引物来设计SSR标记引物或直接进行SSR分子标记的方法。生物信息学法是指研究者使用SSR序列搜索软件在基因组数据库或报道文献中搜索相关的基因序列和表达序列标签（ES

7、T）序列，从而获得SSR序列信息来设计所需的引物。PCR扩增SSR扩增虽然重复性和稳定性相对较好，但对于不同的引物对，其G+C的含量不同和扩增片段长度不同，不同物种的DNA扩增条件存在差异，其退火温度就要做适时的调整，同时也要通过对药品体系浓度、热循环程序次数等反应参数的调整来获得清晰可靠、方便统计分析的条带。增产物的分离和检测SSR标记技术在育种中的应用遗传连锁图谱构建2分子标记辅助育种4亲缘关系和遗传多样性的研究31DNA指纹和品种鉴定33亲缘关系和遗传多样性的研究由于SSR标记技术具有实验结果重复性好和等位基因多态性丰富的特点，因此该方法非常适

8、合对农作物品种资源的遗传多样性进行分析。通过确定农作物品种资源间的遗传距离，建立遗传关系谱系，育种者可以进行