基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究-论文.pdf

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1、食用菌学报@2014．21(2)：1～8文章编号：1005—9873(2014)02—0001—08基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究张丹，宋春艳¨，章炉军，巫萍，鲍大鹏，尚晓冬，谭琦(上海市农业科学院食用菌研究所，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，国家食用菌工程技术研究中心，上海市农业遗传育种重点开放实验室，上海201403；南京农业大学生命科学学院，江苏南京210095)摘要：香菇(Lentinulaedodes)是世界主要栽培食用菌之一，香菇菌种的准确鉴定是香菇大规模生产和菌种知识产权保护的重要前

2、提。本研究基于香菇全基因组序列开发200对SSR标记用于25份常用香菇栽培菌种的遗传多样性分析和菌种鉴定。结果表明：供试材料的遗传相似性较高，遗传相似系数平均值为0．776，最小值为0．567，最大值为1。基于遗传多样性分析结果，筛选出7对带型清晰且重复性好的SSR标记，并成功构建了l1份香菇商业菌种的多位点SSR指纹图谱。这l1份菌种分别为：Cr．O2、闵丰1号、香菇241．4、森源1号、森源8404、香九、广香51号、华香5号、L952、L9319、L808。关键词：香菇；简单重复序列；商业菌种；遗传多样性；指纹图谱香菇(Lentinulae

3、dodes)是我国十分重要的菌种的真实性常通过基于表型分析的DUS栽培食用菌。自上世纪7O年代以来，随着品种(Distinctness，UniformityandStability)测试来改良以及代料栽培技术的推广，我国香菇总产量鉴定。这种方法耗时费力，鉴定结果也易受环有了极大的提高，逐渐占到世界总产量的7O％以境的干扰。近年来，随着分子生物学技术的发上[1]。据中国食用菌协会统计，2012年我国香菇展，越来越多的分子标记，如RAPD(Radom总产量达到400万吨，仅次于糙皮侧耳AmplifiedPolymorphicDNA)[、AFLP(Pl

4、eurotusostreatus)，是我国第二大栽培食用(AmplifiedFragmentLengthPolymor—菌。随着香菇栽培规模的逐步扩大，香菇栽培菌phism)[、ISSR(InterSimpleSequence种的使用数量也越来越多，目前已有25份香菇Repeats)l_4以及SCAR(SequenceCharacterized菌种通过了国家品种审定委员会的认定，用于大AmplifiedRegion)¨5相继被应用于菌种真实性规模的商业生产。鉴定的研究。分子标记以其快速、简便、可操作对于香菇产业来说，优质的菌种对香菇产量性强等优点

5、得到了迅速的推广。然而，在实际和质量的贡献至关重要。目前，我国的香菇栽培应用中，上述分子标记也体现出一些缺点，例如正逐步从分散的小农小户生产向着专业化、分工RAPD、AFLP以及ISSR标记扩增出的条带数化、规模化的方向发展，对香菇栽培菌种的质量量较多，统计分析比较繁琐且部分标记的可重和真实性要求越来越严格。由于缺乏简洁高效复性较低_8；SCAR标记由于受基因组序列信息的菌种检测手段，生产上假菌种、退化菌种时常的限制，目前可利用的标记数量较少。这些缺冒充优良商业菌种流通于市场，导致菌种供应者点限制了上述分子标记的使用范围和检测和香菇生产者遭受巨大

6、经济损失，迫切需要研制效率。简便、快速、准确的菌种鉴定技术，以保证生产用随着全基因组测序技术的不断发展，国内种的准确无误。外研究者开发了大量的新一代分子标记，如收稿日期：2014—03—29原稿；2014—05—06修改稿基金项目：上海市科委重点科技攻关项目(编号：10391900900)、种业发展专项[编号：沪农科种字(2012)第6号]、国家科技支撑项目(编号：2013BAD16B02)、上海市农业科学院青年科技基金[编号：农青年科技2013(20)]的部分研究内容作者简介：张丹(1986～)，男，2011年毕业于扬州大学农学院作物遗传育种专

7、业，硕士，研究实习员，主要从事食用菌遗传育种研究。本文通讯作者E-mail：S62209760@163．com．食用菌学报第21卷SSR(SimpleSequenceRepeat)、SNP(Single1．4SSR标记的开发NucleotidePolymorphism)等，这些标记被越来基于香菇全基因组数据库，利用Perl软件运越多地应用于遗传学研究。其中，SSR标记具行MISA脚本程序m结合PrimerPremier有数量多、多态性高、共显性、易操作等优点。3．0E软件初步设计了200对SSR引物，并委托在植物上SSR标记早已用于品种的鉴定研上

8、海生工生物工程公司合成。究]。在食用菌领域，当全基因组尚未测序表1供试香菇商业栽培菌种时，研究者常利用表达序列标签(EST)数据Tabl