常用生物软件(软件及引物设计总结)

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1、常用生物软件及使用概述也许不必将它当成您的研究领域但您最好知道如何使用这个工具一、管理实验室数据及文献资料查阅实验相关文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略；同时，方便实验室结果的储存，管理和申报工作。常用软件：1、ReferenceManager（可以在线通过查找关键词搜索PubMed等多个数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。）2、Endnote（一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化.）3、医学文献王（特长在中文期刊的系统化，也支

2、持外文文献数据库）二、分析和处理实验数据和公共数据随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。1、限制酶分析推荐软件：DNAssist1.0大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN………NNNgaatt环状的序列就找不到EcoRI的位点，DNAssist1.0能很容易把这个EcoRI位点找出来。另外DNAssist在输出上非常完美，除了

3、图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出所有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）另外，VectorNTI亦是一选择2、引物设计Oligo6（引物评价）*PrimerPremier（自动搜索）*VectorNTISuit（综合分析）PrimerExpress(实时定量PCR引物和探针设计)OmigaDnastarPrimer3（在线服务）*3、同源序列比较NCBI的BLAST;ExPASy的AlignmentGeneDoc3.2ClustalXVectorNTIOmiga，Bioxm，LaserGene

4、，pcgene等4、质粒作图GeneConstructionKitWinPlas2.7PlasmidPremier2.02PlasmidToolkit5、结构域(motif)查找推荐软件：PrimerPremier5.0PrimerPremier5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。6、RNA二级结构预测RNAdrawRNAStructure7、蛋白分析软件二级结构分析：Antheprot4

5、.5三维结构显示：RasMolCn3D8、格式转换各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难；格式转换软件能帮助用户解决这一问题。推荐软件：Seqverter1.3使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可在线升级以读写更多格式文件。9、电泳图谱分析推荐软件：bandleader3.0提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格

6、式.BMP，是一个难得的好软件。10、序列综合分析软件pcgeneBioEditLaserGeneDNASISDNAToolsDNAclubJellyfishOmigaVectorNTISuite（Bioxm）三、应用实例-----------PCR引物设计及相关软件使用→←SenseprimerAntisenseprimer选择模板序列保守区域1、引物设计原则引物长度碱基分布的均衡性Tm值引物二级结构引物3’端引物5’端引物的内部稳定性自由能分布概述引物长度一般引物的长度为15-30bp，常用的长度为18-21

7、bp。过长或过短都不合适，为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应，长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性，而且比短序列杂交慢，从而降低了产量。引物过短会引起错配现象，一般来说引物长度大于16bp是必要的（18bp的序列在人类基因组中只会出现一次）。决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度Tm=（g+C）*4+（a+T）*2同一碱基连续出现不应超过5个GC含量一般40-60%，以45-55％为宜GC含量太低导致引物Tm值较低，使用较低的退火温度不利于提高PCR的特异性G

8、C含量太高也易于引发非特异扩增。碱基分布的均衡性有一些模板本身的GC含量偏低或偏高，导致引物的GC含量不能在上述范围内，这时应尽量使上下游引物的GC含量以及Tm值保持接近（上下游引物的GC含量不能相差太大），以有利于退火温度的选择。引物Tm值一般要求：55℃-65℃。应尽可能保证上下游引物Tm值一致，一般差异控制在2℃以内。（引物的退火温度相差小于5℃一般不会影响PCR的