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1、毕业设计开题报告生物科学2种虾虎鱼cytb基因序列分析一、论述虾虎鱼mtDNA-cytb研究现状，说明选题的依据和意义虾虎鱼，属鲈鱼目，虾虎鱼亚目。其特点是身体细长，有两条脊鳍。第一条有几根细微的脊骨，头部和两侧有一系列小的感觉器官，尾巴呈圆形，身上都有明亮的色彩。有些种类，如欧洲的水晶虾虎鱼呈现透明的色彩。多数成年鱼身长约10厘米，分布在菲律宾的一种虾虎鱼身长只有13毫米，是世界上最小的脊椎动物之一。分布于全世界，全球大约有800多种，它们多数栖息在热带海水中，是一类体型小的的食肉类鱼。虾虎鱼主要栖息在海水中，
2、是一类体型小的食肉类鱼，大多数（约700种以上）种类属于虾虎鱼科。中国现有虾虎鱼类9科5亚科106属307种,占世界虾虎鱼类总数的13.9%,其中淡水虾虎鱼66种,海水虾虎鱼241种,虽然个别种类如大弹涂鱼(Boleophthalmuspectinirostris)和纹缟虾虎鱼(Tri-dentigertrigonocephalus)等已开展人工养殖研究,但是多数虾虎鱼类由于体型小、寿命短、经济价值低、采样困难等原因,长期以来对其开展的研究较少,已有的报道也主要集中在繁殖生物学、早期生活史和物种调查等方面。此外,
3、虾虎鱼物种间的系统发生关系至今仍存在很大的争议,Giinther根据鳍条数、纵列鳞数等形态学特征将虾虎鱼科分为Gobiinae、Amblyopinae、Trypaucheninae和Callionymina;Bleeker在分析牙齿、骨骼以及眼睛的位置后重新定义了虾虎鱼科的4个亚科。REGAN在1911年提出应将虾虎鱼亚目分为Eleotridae、Gobiidae和Kraemeriidae3个科,首次将Kraemeriidae划分到虾虎鱼亚目中,而Golsline在比较了虾虎鱼亚目种类的骨骼后指出,仅利用肩带骨和
4、上颌骨的形态学特征还不足以将Eleotridae和Gobiidae区分开。在分子系统发生方面,Christine和Michael利用COI、ND1和ND2基因重建虾虎鱼亚目系统发生关系,系统树显示Gobiinae与Microdesmidae的关系较近,难以区分,其结果与之前的形态分类结果差距较大。因此,目前关于虾虎鱼类物种的分类地位尚不明确,存在较多争议。该研究首次克隆测定了2种虾虎鱼的Cytb基因全序列,分析了其序列特征和10种虾虎鱼类之间的遗传距离,并结合GenBank数据库中虾虎鱼亚目近缘种的Cytb基因全
5、序列进行系统进化分析,旨在为研究虾虎鱼类分子进化关系积累一定的资料。二、研究的基本内容，拟解决的主要问题：研究的基本内容： 1.首先提取虾虎鱼的总DNA。 2．利用PCR扩增仪进行扩增2种虾虎鱼的mtDNA-cytb序列。 3. 从网络上下载另外几种虾虎鱼的mtDNA-cytb序列。 4. 测定2种虾虎鱼的序列。 5．对比分析虾虎鱼的遗传结构及信息。解决的主要问题：分析了本实验的两种虾虎鱼的序列特征和10种虾虎鱼类之间的遗传距离并结合GenBank数据库中虾虎鱼亚目近缘种的Cy
6、tb基因全序列进行系统化的分析。三、研究步骤、方法及措施：研究步骤：1.查阅相关资料,两种虾虎鱼的采集；2.仔细阅读研究文献资料并翻译相关英文资料；3.在老师指导下提取虾虎鱼的总DNA；4.测定2种虾虎鱼的Cytb基因序列5.网上下载另外8种虾虎鱼的Cytb基因序列6.数据整理和分析，撰写毕业论文；7.上交论文初稿；8.反复修改论文；9.论文定稿。方法、措施：查阅文献，参考已知文献中关于虾虎鱼总DNA的提取方法，实验得到两种虾虎鱼的总DNA，通过特定引物从两种虾虎鱼的肌肉组织中获得mtDNA-cytb基因，从ge
7、nebank中下载另外8种虾虎鱼的Cytb基因全序列，并分析10种虾虎鱼类之间的遗传距离并结合GenBank数据库中虾虎鱼亚目近缘种的Cytb基因全序列进行系统化的分析，利用MEGA3.1软件分析DNA序列和氨基酸序列的变异位点, 计算碱基组成比例和遗传距离并构建系统进化树; 利用DnaSP4.0软件进行多态性指标、群体分化指数及基因流的计算; 利用DAMBE软件计算核苷酸变异指数。四、参考文献1.陈玉龙,郭延蜀,粘皮鲻鰕虎鱼胚胎及仔鱼的发育[J],动物学杂志,2007年02期2.牟希东,白俊杰,叶星,汪学杰,胡
8、隐昌,罗建仁,金鱼线粒体DNA Cytb基因序列分析及与鲫鱼亲缘关系探讨[J],南方水产,2007年01期3.夏军红,应用细胞色素b序列对鲷科鱼类进行种类鉴定的可行性研究[J],南方水产,2007年01期4.徐田军,王日昕,王健鑫,舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cyt b基因全序列克隆分析[J],南方水产,2010年01期1.区又君,吴勇,刘楚吾,从细胞色素b基因全序列研究鞍
