河豚鱼基因序列片段和多药耐药基因序列分析.doc

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1、河豚鱼基因组序列片段和多药耐药基因序列分析姓名学号组号日期年月日1.研究背景和文献阅读1)阅读刘勇博士论文，简述该论文的研究目的、研究方法和主要研究结果。2)阅读河豚鱼基因组测序计划相关论文，说明河豚鱼基因组特点。3)阅读NCBI免费书架提供的ABC转运蛋白超家族（TheHumanATP-BindingCassette(ABC)TransporterSuperfamily）网络书籍及其它相关论文，简述ABC转运蛋白超家族分类和功能，说明人ABCB1家族（即多药耐药基因家，MutidrugResistance

2、）的基因结构、染色体定位、序列特征和主要功能。4)阅读MoleculeoftheMonth有关多药耐药蛋白的文章，说明哺乳动物和细菌多药耐药蛋白的异同。2.数据库检索和序列分析1)检索UniProtKB序列数据库中ABCB1基因家族，列表说明已经过人工审阅的序列条目；对上述序列进行多序列比对，说明比对结果。2)浏览人多药耐药基因蛋白质注释信息、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、结构域特征、剪接变体、序列特征、基因结构、基因组定位、表达特异性等。3)检索核酸序列数据库中人

3、ABCB1基因的mRNA序列，提取其编码区核苷酸序列，并将其翻译成蛋白质序列。3.河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段分析1)提取GenBank中刘勇等提交的柯氏质粒河豚鱼基因序列片段全长序列，用点阵图方法确定其中是否包含重复片段。2)用多种方法预测上述河豚鱼基因组重复片段基因结构，比较它与人ABCB1基因结构的异同。3)分析上述重复序列的全长基因DNA序列、编码区序列及其翻译得到的氨基酸序列的相似性，说明分析结果。4)用WebLab中coderet程序提取上述柯氏质粒河豚鱼基因组序列条目中所有基因的编码区序列和所

4、编码的氨基酸序列。5)用点阵图方法分析上述提取的序列中第一个基因（即多药耐药基因MDR2）所编码的氨基酸序列，说明是否有重复结构域。6)用多种跨膜螺旋预测程序预测上述MDR2蛋白质序列中可能的跨膜螺旋。4.数据库搜索1)以上述河豚鱼基因组多药耐药基因全长序列，用BlastN搜索人基因组核酸序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。2)以上述河豚鱼基因组多药耐药基因编码区序列，用BlastX搜索人基因组蛋白质序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。3)以上述河豚鱼基因组多药耐药基因氨基酸序列，用BlastP搜索

5、人基因组蛋白质序列数据库，调节不同参数，比较搜索结果。4)分析上述搜索策略，说明Blast数据库搜索工具的正确使用方法，举例说明不同参数对结果的影响。5.归纳总结1)通过以上河豚鱼柯氏质粒基因组序列片段分析过程，说明基因组序列分析的一般方法，所用软件种类和基本原理，以及不同软件的适用范围和优缺点。1)将以上基因组序列片段分析方法用于与你研究课题相关基因组序列分析，说明分析结果。