贝西滑刃线虫转录组测序及糖苷水解酶16基因克隆

《贝西滑刃线虫转录组测序及糖苷水解酶16基因克隆》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、－．．．学校代码１０２２５：学号：８１巧４４学化备乂贝西滑刃线虫转录组测序及糖昔水解酶１６基因克隆刘晓駿指导教师姓名；董爱荣副教授东北林业大学申请学位级别：森林保护学；硕±学科专业６论文提交日期２０１５年４月论文答辩日期：２０１５年月；授予学位单位：东北林业大学授予学位日巧：２０１５年６月答辩委员会主席：论文评拥人：建如丈聲如ＵｎｉｖｅｒｓｉｔＣｏｄｅ：１０２２５ｙＲｅｇｉｓｔｅｒＣｏｄｅ：Ｓ１５７４４ＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎｆｏｒｔｈｅＤｅｇｒｅｅｏｆＭａｓ

2、ｔｅｒＧｅｎｅｔｉｃＣｌｏｎｉｎａｎｄＰｒｏｔｅｉｎＳｔｒｕｃｔｕｒａｌＳｔｕｄｉｅｓｇｏｆａＧｌｃｏｓｉｄｅＨｙｄｒｏｌａｓｅＦａｍｉｌ１６Ｅｎ巧ｍｅｙｙＧｅｎｅｆｒｏｍＡｐｈｅｌｅｎｃｈｏｉｄｅｓｂｅｓｓｅｙｉＣａｎｄｉｄａｔｅ：ＬｉｕＸｉａｏｈａｎＳｕｐｅｒｖｉｓｏｒ；Ｐｒｏ．ＤｏｎＡｉｒｏｎｇｇＡｓｓｏｃｉａｔｅＳｕｐｅｒｖｉｓｏｒ：Ａ．Ｐｒｏｆ．ＷａｎｇＦｅｎｇｒｅｅ＇ＡｃａｄｅｍｉｃＤｅｇＡｐｐｌｉｅｄｆｏｒ；ＭａｓｔｅｒｓｄｅｇｒｅｅＳｅｃｉａｌｉ

3、ｔ：ＦｏｒｅｓｔＰｒｏｔｅｃｔｉｏｎｐｙＤａｔｅｏｆｒａｌＥｘａｍｉｎａｔｉｏｎ：Ｊｕｎｅ２０１５ＯＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ：ＮｏｒｔｈｅａｓｔＦｏｒｅｓｔｒｙＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｉｍ摘要一３５贝西滑刃线虫作为种植物寄生线虫，广泛寄生于多种植物中个。据记载有属，，。线虫通过分泌纤维素酶来降解植物细胞壁Ｗ便进入植物组织致使植物感病。为研究线虫侵染相关基因及其致病过程、为基因平移假说提供佐证，我们进行了相关研究。。试验用东北林业大学森林病理标本室保存的贝西滑刃线虫种群，分离扩繁备用Ｔｒｉｚｏｌ

4、提取线虫总ＲＮＡ，纯化ＲＮＡ后经过分光光度计检验符合要求；转录组测序文库制备采用ｒｎｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａ标准操作步骤由ＬＣ公司完成，共得到４６，８２６，３５０个ｒａｗｒｅａｄｓ，通过５３７２个高质量ｃｌｅａｎｒｅａｄｓ，平均长度为８９．８９ｂ。后续严格筛选得到％，９０，ｐｃＴ－ｌｅａｎｒｅａｄｓ占总ｒａｗｒｅａｄｓ的７８．８１％；使用软件ｒｉｎｉ巧，应用ｐａｉｒｅｄｅｎｄ的拼接方法将线虫有效ｒｅａｄｓ进行ｄｅｎｏｖｏ拼接，统计产生５１，２７０个长度均大于２００ｂｐ的ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ，平Ｎ一均长度为１２＂ｂ，５０

5、值为１８５７ｂｐ。对３５１８０个ｕｎｉｅｎｅｓ进步聚类和评估分析表明ｐ，ｇ１０５０ｂ５０他们的平均长度为，Ｎ６２６ｂ。ｉｅｎｅｓ８８２，ｐ值为１ｐ在这些ｕｎｇ中有２１，个长度大于５００ｂｐ（占总体６２．２％），１３，２５９个长度大于ｌＯＯＯｂｐ（占总体３７．７％）；通过ＢＬＡＳＴＸ检索ＮＲ蛋白质数据库筛选糖昔水解酶直系同源基因，筛选到４个碳水化合物酶家族的５２４个酶基因序列：其中包括１０个糖昔水解酶家族的１３６个具糖昔水解酶结构域的基因序列，２８个糖基转移酶家族的３２８个糖基转移酶基因序列，２个碳水化合物醋酶家族的４２

6、个碳水化合物酷酶基因，３个碳水化合物结合模块家族的１８个碳水化合物结合模块基因。一ＲＮＡ经过反转录合成第链ｃＤＮＡ，根据筛选到的屈饼／１６序列设计引物，第一ＰＣ民７７９ｂ链ｃＤＮＡ为模板进行完整阅读框区域序列的扩増，得到序列长ｐ；ＢＬＡＳＴＸ／ＢＬＡＳＴＰ筛选ＮＣＢＩ登录的ＧＨ１６蛋白同源序列８条。应用Ｍ巧ａ５．０５选用ＷＡＧ模型构建的最大拟自然树明显分为两支。对ＮＣＢＩ收录的所有ＧＨ１６蛋白同源序列进行系统进化分析，结果表明：ＡｂＧＨ１６蛋白巧真菌ＧＨ１６蛋白亲缘关系近；经ＯＲＦ分析得到蛋白质序列，含有２，相对分子质

7、量２９．０６６，等电点为８巧个氨基酸．１１。通过ＳｉｇｎａｌＰ４．１Ｓｅｒｖｅｒ对贝西滑刃线虫ＡｂＧＨ１６蛋白质跨膜结构域分析表明在该蛋白质的Ｎ？２０Ｋ端１．／ｔｅ＆Ｄｏｏｔｌ，个氨基酸区段具有跨膜结构域ｌｉｅ分析表该区段氨基；Ｈｐｈｏｂｙ明酸序列疏水性强，Ａ１６，说明该蛋白质是分泌蛋白：蛋白质Ｈ维结构分析表明ｂＧＨ蛋白属于簡聚糖内切酶一。进步结构分析表明，源自贝西滑刃线虫的ＡｂＧＨ１６蛋白Ｗ及松材线虫ＧＨ１６蛋白结构相似。ＡｂＧＨ１６蛋白巧源自草酸青霉的ＧＨ１６兰维结构相对松材线虫而言更为相似，这两个蛋白质在两个连续

8、的反向平行的公折叠中间均出现小ａ螺旋结构。而与源自细菌的ＧＨ１６Ｈ维结构，具有４个片折叠的差异，推想贝西滑刃线虫