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《花鲈简化基因组和转录组测序及基因表达分析.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、上海海洋大学硕士学位论文学校代码：10264研究生学号：M150150321上海海洋大学硕士学位论文花鲈简化基因组和转录组测序题目：及基因表达分析Genomesurveyandtranscriptome英文题目：sequencingofLateolabraxmaculatusandgenesexpressionanalysis专业：渔业研究方向：分子生物学姓名：王家奇指导教师：陈晓武教授二O一八年六月上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果
2、。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密学
3、位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注中国水产科学研究院东海马凌波研究员水产研究所颜标复旦大学研究员崔映宇同济大学副教授答辩地点水产与生命学院C217上海海洋大学硕士学位论文花鲈简化基因组和转录组测序及相关基因分析摘要花鲈（Lateolabraxmaculatus）广泛分布于中国沿海,是我国重要的海水养殖品种。由于长期过度捕捞，花鲈野生资源锐减，种质退化。为更深入了解花鲈的遗传信息，我们利用高通量测序和denovo组装，获得了64.63Gb的基因组clean数据，
4、预测基因组大小534.46Mb，GC含量40.95%，经过拼接和蛋白编码基因预测得到67,748个unigene，其中有60,218个unigene（88.89%）与Nr库中的已知序列同源。此外，分别有50,860和10,260个unigene注释到GO库和COG库。根据基因组测序结果获得311,393个微卫星（SSR）位点，其中单核苷酸重复（29,585,9.50%），二核苷酸重复（144,548,46.42%）和三核苷酸重复（36,254,11.64%）共占到SSRs的67.65%，其中重复单元AC/GT（36.76%）在二核苷酸重复序列中含量最丰富。我们用3
5、0条花鲈样本进行筛选获得8个具有多态性的微卫星位点，所有位点显示4-8个等位基因。平均观测杂合度和平均预期杂合度分别是0.64和0.58。花鲈简化基因组信息为研究花鲈生长、繁殖和遗传学研究提供了数据支持。为获得花鲈转录组信息，发掘组织特异性功能基因，本实验同时对花鲈的脑、鳃、胃、肝、脾、精巢和卵巢转录组进行测序。结果获得54,031个unigene，有12,256条unigene包含SSR序列，从中鉴定出16,644个SSR，其中二核苷酸重复单元AC/GT为优势重复基元，占总位点的16.03%。利用Blast2GO对unigene进行注释，共得到32611(60.
6、36%)条注释基因，根据GO功能分类分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类103亚类。“molecularfunction”亚类的unigene数量最多。所有unigene经KEGG代谢通路分析可分为6大类（Metabolism,Geneticinformationprocessing,Environmentalinformationprocessing,Cellularprocesses,Organismalsystems,Humandiseases）39小类419个代谢通路，其中“Signaltransduction”(25个通路)是最大的通路分类，“Infe
7、ctiousdiseases”(24个通路)次之。分析七个转录组RPKM发现，脑特异分泌HPG,HPA,HPGH轴所需激素；鳃在角蛋白，胶质蛋白和上皮细胞黏附分子特异表达；胃和脾分别高表达各类消化酶和免疫球蛋白类似物；肝的载脂蛋白，抗冻蛋白和转铁蛋白特异高表达；性腺则富含vasa，piwi，性激素受体和调控细胞分裂生长的周期蛋白类似物。通过对花鲈转录组测序，为花鲈功能基因克隆及基因组学研究提供了基础。I上海海洋大学硕士学位论文碱性磷酸酶（Alkalinephosphatase,Alp）具有脱磷酸的生理作用并在碱性环境下发挥最佳功能，这种酶存在于多种生物体，包括原核
8、生物和真核
