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时间:2019-03-06
《我国不同基因型水痘_带状疱疹病毒流行毒株ge基因序列分析》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、第29卷第2期病毒学报Vol.29No.22013年3月CHINESEJOURNALOFVIROLOGYMarch2013我国不同基因型水痘-带状疱疹病毒流行毒株gE基因序列分析江龙凤1,甘霖1,李珊山2,冯艳艳3,姜薇4,段亚平5,陈敬贤1,6,*,王明丽1,*(1.安徽医科大学微生物学教研室,合肥市230032;2.吉林大学白求恩第一医院皮肤科,长春市130021;3.新疆维吾尔自治区人民医院皮肤科,乌鲁木齐830000;4.北京大学附属第三医院皮肤科,北京市100191;5.西藏大学医学院基础部,拉萨850000;6.哥伦比
2、亚大学病理与细胞生物学教研室,纽约市10032)摘要:为进一步了解我国不同地区流行的水痘—带状疱疹病毒(VZV)病毒株的基因型分布和分析代表性病毒株gE基因序列。于2010年12月至2011年6月期间,收集来自北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市4个地区水痘和带状疱疹患者的疱疹液拭子和皮肤痂片,共计18份。用单个核苷酸多态性(SNP)谱的方法确定病毒株的基因型。然后采用聚合酶链反应(PCR)方法扩增gE基因的全长片段,并进行测序分析。SNP分析显示18个病毒株的基因型共为4种,其中有7株属于clade2遗传支,1株属于clade3遗
3、传支,4株为clade5遗传支。另有6株病毒兼有不同遗传支的特征,按照目前国际通用的分型方法不能归属于任何明确的遗传支。对不同病毒株gE基因序列分析,除了发现3个国外已有报道的1个同义突变(T660C)和2个反义突变(C119T、C1606A),还发现了3个新的反义突变(C56T、C1109T和C917A)和4个同义突变(C54T、T1075C、T816C和G279A)。首次在我国新疆自治区发现了clade5遗传支的VZV,在长春市还发现了目前尚未能分型的6株病毒。对部分病毒株gE基因序列分析,在gE的e1和c1抗原表位的编码区内
4、中检出1个新型反义突变(C917A),需要进一步研究该突变对该病毒免疫原性和致病性的影响。关键词:水痘-带状疱疹病毒;基因型;gE糖蛋白;单个核苷酸多态性;同义突变;反义突变中图分类号:R373.1文献标识码:A文章编号:1000-8721(2013)02-0112-07[4]水痘-带状疱疹病毒(Varicella-zostervirus,起到非常重要的作用,并且具有很强的免疫原性,VZV)属疱疹病毒α亚科,为双链DNA病毒。VZV在原发感染和潜伏再激活感染期间均能诱导机体产[5]能引起两种临床表现截然不同的疾病,原发感染引生很强
5、的细胞免疫和体液免疫应答。起水痘,并可潜伏在感染者的背根神经节、颜面神经我们在本研究中,首先对国内不同地区流行的节、肠道神经节等多处感觉神经节中,日后在机体免VZV病毒株进行基因分型,然后对部分病毒株的疫功能下降时(分子机理尚不清楚)病毒发生再激gE基因进行全长测序,在核苷酸水平分析gE突变活,引起带状疱疹。VZV的基因组在遗传上相当稳情况,以了解不同基因型VZV和gE抗原表位之间定,核苷酸突变率比较低[1]。根据病毒多个开放阅的关系。读读码框(ORFs)的单个核苷酸多态性(SNP)谱,已经归纳出5个主要的VZV遗传支(clade
6、s1~5)和材料与方法[2]2个暂定的遗传支(Ⅵ和Ⅶ)。1标本在北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市VZV编码gE、gB、gH、gI、gC、gL、gK和gM共4个地区收集水痘和带状疱疹患者疱疹液拭子或皮8种糖蛋白,其中gE在感染细胞中或病毒颗粒中的肤痂片样本共18份,标本编号及病人临床资料见含量都最为丰富。gE基因由1872个碱基组成,编[3]表1。码623个氨基酸。gE不仅在病毒的复制过程中2分子生物学试剂高保真DNApolymerase,收稿日期:2012-10-11;修回日期:2013-01-02dNTP均购自美国Invitr
7、ogen公司;琼脂糖购自美基金项目:国家自然科学基金(30872253);安徽省科技厅科技攻国Sigma公司;各类DNA分子量Marker购自日本关项目(8010302179)作者简介:江龙凤(1988-),硕士研究生,主要研究方向为临床病TaKaRa公司;TaKaRaMiniBESTViralRNA/毒学,Tel:0551-65161136,E-mail:fishjiang88@yahoo.com.cnDNAExtractionKitVer.3.0试剂盒、DNA凝胶回通讯作者:王明丽(1955-),女,教授,硕士生导师,主要研究
8、方向收试剂盒均购自大连宝生物工程有限公司;PCR产为临床病毒学,Tel:0551-65161136,E-mail:wangminglihf@yahoo.物由上海Invitrogen公司进行测序。com.cn;陈敬贤(1949-),男,教授,主要研究
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