我国不同基因型水痘_带状疱疹病毒流行毒株ge基因序列分析

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1、第２９卷第２期病毒学报Ｖｏｌ．２９Ｎｏ．２２０１３年３月ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＶＩＲＯＬＯＧＹＭａｒｃｈ２０１３我国不同基因型水痘－带状疱疹病毒流行毒株ｇＥ基因序列分析江龙凤１，甘霖１，李珊山２，冯艳艳３，姜薇４，段亚平５，陈敬贤１，６，＊，王明丽１，＊（１．安徽医科大学微生物学教研室，合肥市２３００３２；２．吉林大学白求恩第一医院皮肤科，长春市１３００２１；３．新疆维吾尔自治区人民医院皮肤科，乌鲁木齐８３００００；４．北京大学附属第三医院皮肤科，北京市１００１９１；５．西藏大学医学院基础部，拉萨８５００００；６．哥伦比

2、亚大学病理与细胞生物学教研室，纽约市１００３２）摘要：为进一步了解我国不同地区流行的水痘—带状疱疹病毒（ＶＺＶ）病毒株的基因型分布和分析代表性病毒株ｇＥ基因序列。于２０１０年１２月至２０１１年６月期间，收集来自北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市４个地区水痘和带状疱疹患者的疱疹液拭子和皮肤痂片，共计１８份。用单个核苷酸多态性（ＳＮＰ）谱的方法确定病毒株的基因型。然后采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）方法扩增ｇＥ基因的全长片段，并进行测序分析。ＳＮＰ分析显示１８个病毒株的基因型共为４种，其中有７株属于ｃｌａｄｅ２遗传支，１株属于ｃｌａｄｅ３遗

3、传支，４株为ｃｌａｄｅ５遗传支。另有６株病毒兼有不同遗传支的特征，按照目前国际通用的分型方法不能归属于任何明确的遗传支。对不同病毒株ｇＥ基因序列分析，除了发现３个国外已有报道的１个同义突变（Ｔ６６０Ｃ）和２个反义突变（Ｃ１１９Ｔ、Ｃ１６０６Ａ），还发现了３个新的反义突变（Ｃ５６Ｔ、Ｃ１１０９Ｔ和Ｃ９１７Ａ）和４个同义突变（Ｃ５４Ｔ、Ｔ１０７５Ｃ、Ｔ８１６Ｃ和Ｇ２７９Ａ）。首次在我国新疆自治区发现了ｃｌａｄｅ５遗传支的ＶＺＶ，在长春市还发现了目前尚未能分型的６株病毒。对部分病毒株ｇＥ基因序列分析，在ｇＥ的ｅ１和ｃ１抗原表位的编码区内

4、中检出１个新型反义突变（Ｃ９１７Ａ），需要进一步研究该突变对该病毒免疫原性和致病性的影响。关键词：水痘－带状疱疹病毒；基因型；ｇＥ糖蛋白；单个核苷酸多态性；同义突变；反义突变中图分类号：Ｒ３７３．１文献标识码：Ａ文章编号：１０００－８７２１（２０１３）０２－０１１２－０７［４］水痘－带状疱疹病毒（Ｖａｒｉｃｅｌｌａ－ｚｏｓｔｅｒｖｉｒｕｓ，起到非常重要的作用，并且具有很强的免疫原性，ＶＺＶ）属疱疹病毒α亚科，为双链ＤＮＡ病毒。ＶＺＶ在原发感染和潜伏再激活感染期间均能诱导机体产［５］能引起两种临床表现截然不同的疾病，原发感染引生很强

5、的细胞免疫和体液免疫应答。起水痘，并可潜伏在感染者的背根神经节、颜面神经我们在本研究中，首先对国内不同地区流行的节、肠道神经节等多处感觉神经节中，日后在机体免ＶＺＶ病毒株进行基因分型，然后对部分病毒株的疫功能下降时（分子机理尚不清楚）病毒发生再激ｇＥ基因进行全长测序，在核苷酸水平分析ｇＥ突变活，引起带状疱疹。ＶＺＶ的基因组在遗传上相当稳情况，以了解不同基因型ＶＺＶ和ｇＥ抗原表位之间定，核苷酸突变率比较低［１］。根据病毒多个开放阅的关系。读读码框（ＯＲＦｓ）的单个核苷酸多态性（ＳＮＰ）谱，已经归纳出５个主要的ＶＺＶ遗传支（ｃｌａｄｅ

6、ｓ１～５）和材料与方法［２］２个暂定的遗传支（Ⅵ和Ⅶ）。１标本在北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市ＶＺＶ编码ｇＥ、ｇＢ、ｇＨ、ｇＩ、ｇＣ、ｇＬ、ｇＫ和ｇＭ共４个地区收集水痘和带状疱疹患者疱疹液拭子或皮８种糖蛋白，其中ｇＥ在感染细胞中或病毒颗粒中的肤痂片样本共１８份，标本编号及病人临床资料见含量都最为丰富。ｇＥ基因由１８７２个碱基组成，编［３］表１。码６２３个氨基酸。ｇＥ不仅在病毒的复制过程中２分子生物学试剂高保真ＤＮＡｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ，收稿日期：２０１２－１０－１１；修回日期：２０１３－０１－０２ｄＮＴＰ均购自美国Ｉｎｖｉｔｒ

7、ｏｇｅｎ公司；琼脂糖购自美基金项目：国家自然科学基金（３０８７２２５３）；安徽省科技厅科技攻国Ｓｉｇｍａ公司；各类ＤＮＡ分子量Ｍａｒｋｅｒ购自日本关项目（８０１０３０２１７９）作者简介：江龙凤（１９８８－），硕士研究生，主要研究方向为临床病ＴａＫａＲａ公司；ＴａＫａＲａＭｉｎｉＢＥＳＴＶｉｒａｌＲＮＡ／毒学，Ｔｅｌ：０５５１－６５１６１１３６，Ｅ－ｍａｉｌ：ｆｉｓｈｊｉａｎｇ８８＠ｙａｈｏｏ．ｃｏｍ．ｃｎＤＮＡＥｘｔｒａｃｔｉｏｎＫｉｔＶｅｒ．３．０试剂盒、ＤＮＡ凝胶回通讯作者：王明丽（１９５５－），女，教授，硕士生导师，主要研究

8、方向收试剂盒均购自大连宝生物工程有限公司；ＰＣＲ产为临床病毒学，Ｔｅｌ：０５５１－６５１６１１３６，Ｅ－ｍａｉｌ：ｗａｎｇｍｉｎｇｌｉｈｆ＠ｙａｈｏｏ．物由上海Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ公司进行测序。ｃｏｍ．ｃｎ；陈敬贤（１９４９－），男，教授，主要研究