大白菜抽薹开花时间与ssr和indel标记的关联分析

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1、河北农业大学硕士学位论文大白菜抽薹开花时间与SSR和InDel标记的关联分析姓名：高颖申请学位级别：硕士专业：蔬菜学指导教师：申书兴；赵建军20120602摘要大白菜(Brassicacampestrisssp．pekinensis)原产中国，属十字花科芸薹属芸薹种。抽薹开花时间是重要的农艺性状，我们有必要在分子水平探讨大白菜抽薹开花时间的变异特点和遗传基础，从而进一步发掘优异等位基因资源。依靠单一标记技术进行种质鉴别的支持率、分辨率有限，因此，本研究利用基因组上均匀分布的30个SSR标记和27个InDel标

2、记，对190份大白菜种质材料进行群体结构分析，并系统地进行抽薹开花时间与分子标记的关联分析。群体结构分析结果有助于充分挖掘亲缘关系较远的种质资源，进而利用适宜的自交系材料试配组合，为选育优良大白菜品种，提高育种效率提供理论依据，也是关联分析的基础；关联分析可以明确群体内不同基因型中所携带的等位基因对目标性状的贡献，解释丰富表型变异的遗传基础。结果如下：1．从199对随机SSR引物中筛选出多态性高的引物24对，从36对与开花时间相关的特异SSR引物中筛选出多态性高的引物6对，从100对InDel引物中筛选出多态

3、性高的引物27对。其中24对随机SSR引物共检测出76个等位基因，平均每对引物检测到等位基因3．2个，变幅为2~6个；6对特异SSR引物共检测出15个等位基因，平均每对引物检测到等位基因2．5个，变幅为2~4个；27对InDel引物共检测出76个等位基因，平均每对引物检测到等位基因2．8个，变幅为2-7个。2．将30对SSR弓I物和27对hlDel引物产生的167个等位基因标记用于群体结构分析，Structure分析表明，所选的190份大白菜材料可分为3个亚群一S1，S2和S3。S1由66份材料组成，全部为自

4、交系；S2由72份材料组成，包括lO份自交系和62份Fl；S3由52份材料组成，包括4份自交系和48份Fl。3．S1中材料的抽薹天数主要集中在72～99天，开花天数主要集中在83～109天；S2中材料的抽薹天数主要集中在80---99天，开花天数主要集中在90--．109天；S3中材料的抽薹天数主要集中在72～89天，开花天数主要集中在83～99天。4．关联分析结果表明，31个标记的42个等位基因位点与抽薹时间和开花时间相关(尸

5、59(b)。25个标记的31个等位基因位点与开花时间关联，关联程度最高的位点是S155(b)。18个标记的21个等位基因位点与抽薹时间、开花时间都相关。关键词：大白菜；SSR；InDel；群体结构；关联分析AssociationAnalysisofBoltingandFloweringTimewithSSRandInDelMarkersinChineseCabbageAuthor：G-aoYingMajor：．OlericultureTutor：．ShenShuxingZhaoJianjun(Collegeo

6、fHorticulture，AgriculturalUniversityofHebei，Baoding，China071001)AbstractChinesecabbage(Brassicacampestrisssp．pekinensis)isnativetoChina,whichbelongstoBrassicacampestirisspeciesofBrassicagenusinBrassicaceaefamily．Boltingandfloweringtimeareimportantagronomicc

7、haractersinChinesecabbage．Itisnecessarytoinvestigatethevariationandgeneticbasisinboltingandfloweringtimeatmolecularlevel，whichwillhelptoexploretheinterestingalleles．negeneticinformationobtainedislimitedtoindentifythegermplasmdiversi哆byonlyonekindofmolecular

8、marker．ThirtySSRand27InDelmarkersdistributedequallyOVerthegenomeswereusedtoamply190Chinesecabbageaccessionsforpopulationstructureanalysisinthepresentstudy,andtheassociationanalysisofboltingfloweringtim