利用indel和ssr整合大白菜分子遗传图谱

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1、AthesissubmittedtoZhengzhouUniversityforthedegreeofMasterUsingInDelandSSRmolecularmarkerstointegrateageneticmapofChinesecabbage∞．rapassp．pekinensis)ByShuangLiangSupervisor：Prof．BaomingTianXiaoweiZhanglSubject：PhytologyDepartmentofBioengineeringApril2013原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，

2、是本人在导师的指导下，独立进行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要贡献的个人和集体，均己在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。学位论文作者：日期：pI)年J月≥1日学位论文使用授权声明本人在导师指导下完成的论文及相关的职务作品，知识产权归属郑州大学。根据郑州大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人授权郑州大学可以将本学位论文的全部或部分编入有关数据库进行检索，可以采

3、用影印、缩印或者其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。本人离校后发表、使用学位论文或与该学位论文直接相关的学术论文或成果时，第一署名单位仍然为郑州大学。保密论文在解密后应遵守此规定。学位论文作者：翠建日期：驴l瞬f月弓＼日摘要我国是白菜类作物的主要起源地。大白菜不仅是一种重要的经济作物，也是研究多倍体化和构建分子遗传连锁图谱的模式植物。多国的大白菜基因组测序计JEO(BrGSP)在2003年启动。近年来，关于白菜基因组测序工作陆续完成，但是基因的覆盖程度并不完全，染色体中只标记了大约73．6％的锚定标记。因此，建立一个新的分子遗传图谱有着重要

4、的研究意义。遗传图谱的构建为重要农艺性状的基因定位(QTL)、标记辅助育种(MAS)、功能基因克隆和比较基因组学奠定基础。本研究是利用基于序列的InDel标记和SSR标记对大白菜遗传图谱进行合理优化与整合，提高图谱的“饱和度”，明确特定的标记在连锁群的位置分布。本研究是以在种皮颜色、叶面茸毛、花色、抽薹性、抗病性等方面存在明显差异的Y177．12和Y195．93为双亲，在其杂交后得到的Fl代进行小孢子培养所得183个DH株系为试材。为了实验的顺利进行，利用DH双亲Y177—12和Y195—93对PCR反应体系进行单因素试验，对模板DNA用量、

5、退火温度、dNTPs浓度等7个因素进行优化。结果表明，从稳定性和经济性出发，最终确定了大白菜PCR扩增的最佳反应体系(20灿)：模板DNA用量105ng、TaqDNA聚合酶0．4U、M92+浓度为1．5mmol／L、dNTPs浓度0．1mmol／L、引物浓度0．4I．tmol／L、三温循环时间30s．30s一45s、退火温度50℃。该体系适用于遗传多样性分析及遗传图谱的构建。利用401对InDel引物和56对SSR引物对DH群体的双亲Y177．12和Y195．93进行多态性筛选，获得有多态性的InDel引物44对、SSR引物11对。运用Joi

6、nMap4．0软件，将筛选出的有多态的55对标记整合于本实验室原有的基于SRAP、SSR和AFLP等多种标记构建的大白菜分子遗传图谱，重新构建分子遗传图谱。构建出的遗传图谱总共有512个分子标记，其中包括139个SRAP标记、84个SSR标记、“个InDel标记、230个AFLP标记、6个STS标记、4个ESTP标记、3个形态标记、1个SCAR标记和1个CAPS标记。该图谱含有10个连锁群，被命名为A01一A10，总长度为1336cM，标记间平均图距是2．60cM，每个连锁群的标记数在27～76个之间，长度在106～176cM之间，平均图距在

7、2．08～4．41cM之间，偏分离标记比率为71．3％。新增标记在各连锁群上的分布位置与参考图中相应标记的位置基本一致，表明该图谱的可靠性高。同一些现有的图谱相比较，该图谱的总长度、标记间平均距离及标记数量等指标均可与国际上公认的参考图相关联。该图谱的构建对大白菜遗传信息的整合和资源的提供有着重要的意义。关键词：大白菜；DH群体；PCR；SSR标记技术；InDel；遗传图谱AbstractBrassicarapacropsarecultivatedinChina．Chinesecabbage(BrassicarapaL．ssppekinesi

8、s)isanimportantcropwhichiseconomicalforagricultureanditisamodelplantforstudiesandc