萝卜属抽薹开花相关基因FLC的预测及分析.pdf

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1、浙江农业学报ActaAgriculturaeZhefiangensis，2014，26(3)：656—660http：／／www．zjnyxb．en郭军，祖艳侠，吴永成，等．萝卜属抽薹开花相关基因FLC的预测及分析[J]．浙江农业学报，2014，26(3)：656—660．DOI：10．3969／j．issn．1004—1524．2014．03．21萝卜属抽薹开花相关基因FLC的预测及分析郭军，祖艳侠，吴永成，郑佳秋，梅黻(江苏沿海地区农业科学研究所，江苏盐城224002)摘要：以控制拟南芥春化途径的关键基因FLC全长CDS为参考序列，在萝

2、卜属(Raphanus)EST数据库中进行BLASTN检索，得到具备Score≥100、E—value≤10。和coverage≥70％条件的70条萝卜ESTs作为候选的拟南芥FLC基因的同源ESTs，并进行序列聚类拼接、注释及分析。结果显示：在普通萝卜和野生萝卜中各发现两个旁系同源基因(凡和RsFLCb及RrFLCa和RrFLCb)。RFLCs与拟南芥FLC间在核酸水平上的一致性为78．7％～86．9％；RFLCs旁系同源基因问的一致性为75．9％一93．4％；RFLCs与芸薹属FLC直系同源基因间的一致性绝大多数维持在85％以上，且高于

3、与拟南芥直系同源基因间的一致性。系统进化分析发现，与白菜、甘蓝及甘蓝型油菜中FLC多拷贝产生的机制可能类似，萝卜属FLC基因的多拷贝现象可能也是伴随萝卜基因组的多倍化而产生的。关键词：十字花科；萝卜属；开花时间基因中图分类号：S631．1；Q943．2文献标志码：A文章编号：1004—1524(2014)03—0656-05PredictionandanalysisoffloweringrelatedgenesRFLCsinRaphanusspeciesGUOJun，ZUYan—xia，WUYong—cheng，ZHENGJia—qiu，M

4、EIYi(InstituteofAgriculturalSciencesofJiangsuCoastalArea，Yancheng224002，China)Abstract：FLC(FL0WERINGLOCUSC)inRaphanusspecieswereidentifiedusingdataminingmethodti’omRaphanusESTdatabase．ThefulllengthCDSsequenceofArabidopsisthalianavernalizationpathwaykeygeneFLCwasusedasrefer

5、eneetosearchthehomologousESTsinRaphanusESTdatabase．SequenceswithScore≥100．E—value≤10一andcoverage>t70％wereconsideredasthecandidateFLC—gene—likeESTs，whichwereassembledandannotatedinthefollowinganalysis．Theresultsshowedthat70FLC—gene—likeESTswereidentifiedinRaphanus，andfourFL

6、CcandidategenesRsFLCn。RsFLCb，RrFLCaandRrFLCbwerepredicted，amongwhichRsFLCnandFLCbwereoriginatedfromRaphanussativus．andtheothertwowereoriginatedfromRaphanusraphanistrum．ThehomologousFLCgenesinRaphanusandArabidopsisthalianashared78．7％一86．9％nucleotidesequenceidentity．andparal

7、ogsFLCgenesinRaphanusshared75．9％一93．4％nucleotidesequenceidentity．IdentitiesofFLCorthologsbetweenRaphanusandBrassicaweremorethan85％，whichwashigherthanthatbetweenRaphanusandA．thaliana．Moreover，phylogeneticanalysissuggestedthatmulti—copyofFLCgenesinRaphaa~maybecorrespondedwit

8、hgenomepolyploidyofRaphanusspieces，whichwassimilartothatofFLCgenesinBrassicaspecies．Keywo