中国栽培和野生大豆农艺品质性状与ssr标记的关联分析i群体结构及关联标记

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1、作物学报AcrAAG】mNOMICAs肌cA2008，34(7)：1169一1178ISSN0496—3490：CoDENTSHPA9http：／，www．chinacmps．org，zwxb，E·mail：xbzw@chinajoumal．net．cnDOI：10．3724，SEJ．1006．200S．01169中国栽培和野生大豆农艺品质性状与SSR标记的关联分析I．群体结构及关联标记文自翔赵团结郑永战刘顺湖王春娥王芳盖钧镒。(南京农业大学大豆研究所，国家大豆改良中心／作物遗传与种质创新国家重点实验室，江苏南京2l0095)摘要：关联作图是一种利用连锁不平衡(1inkagedisequi

2、librium，LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异的方法。利用60个ssR标记，对全国大豆地方品种群体(393份代表性材料)和野生大豆群体(196份代表性材料)的基因组变异进行扫描，分析两类群体的连锁不平衡位点、群体结构，并采用TAssEL软件的GLM(generallinearmodel)方法对16个农艺、品质性状观测值进行标记与性状的关联分析。结果表明：(1)在公共图谱上不论共线性的或是非共线性的ssR位点组合都有一定程度的LD，说明历史上发生过连锁群间的重组；栽培群体的连锁不平衡成对位点数较野生群体多，但野生群体位点问连锁不平衡程度高，随距离的衰减慢。(2)群体ssR数据遗传结

3、构分析发现，栽培群体和野生群体分别由9和4个亚群体组成，亚群的划分与群体地理生态类型相关联，证实地理生态类型划分有其遗传基础。(3)栽培群体中累计有27个位点与性状相关；野生大豆种质中累计有34个位点与性状相关。部分标记在两类群体中都表现与同一性状关联，检出的位点有一致性，也有互补性；一些标记同时与2个或多个性状相关联，可能是性状相关乃至一因多效的遗传基础；关联位点中累计有24位点(次)与遗传群体连锁分析定位的QTL一致。关键词：栽培大豆【G砂c咖Fm甜(L．)Mem】；野生大豆(Gfyci，lPs咖sieb．etzucc．)；ssR；群体结构；关联分析AssociationAnaIysi

4、sofAgronomicandQualitymraitswithSSRMarkersinG砂c觑e珑嬲andG砂c觑口s咖inChina：I．PopulationstructureandAssociatedMarkersWENZi—Xiang；ZHAOTuan—Jie，ZHENGYong—Zhan，LIUShun—Hu，WANGChun—E，WANGFang，觚dGAIJun—Yi‘(SoybeaIlResearchInstitIlteofN姐jingAgricult咐试Umvcfs时／NationaIcencer衙Soyb啪岫唧V钿ent，N砸0nalKeyL呶脚oryforCropG争

5、ne吐csa11dGem瞄asmEIlllaJlcement，Nanjing2l0095，Jiang姒。China)Abstract：AssocialjonmappingisaprocedurefordetectingQTLs勰weⅡasⅡ地irallelesbasedonliIll【agedisequilibrium(LD)．111egenotypingdataof60simple-sequencerepeat(SSR)markerSonrepresen洲Ves锄plesof393landracesofG砂c咖懈(L．)MeIr．a11d196wildaccessionsofG咖c加8j

6、咖Sieb．etZucc．wercusediIlmepresentstIldy．LiIlkagedisequilibriumofpain】viseloci卸dpopulations仃uctIlrewerefirstly柚alyzedfortlle铆opopul撕ons，ttlenmeassociat．onanalysisbetweenSSR10ci锄d16agron0Illic柚dquality仃ai协waspe墒帅edbyusingTASsELGLM(generallinearmodel)pr0鲫n．111edi骶I．entdeg嗽sofLDwercdetectednotonly锄ong

7、syntcnicmarkersbutalso锄ongnOnsyntenic叩es，suggestingmatnlerehadbeenhistoricalre-combiIIation锄onglilll【agegmups．，I'llecultivatedsoybeaIlpopulationhadmoreLDlocipairsmaIlwildsoybe柚populadon，while也e1a缸参rhadhi譬herdegre