中国流行hiv-1受体嗜性的分析、hiv-1和hcv基因组序列aca和uah位点的分析与hiv-1荧光实时定量rt-pcr建立

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1、江苏大学硕士学位论文摘要获得性免疫缺陷综合征(AIDS)是由人类免疫缺陷病毒HIV感染导致的严重危害人类生命健康的疾病之一。目前仍未有有效的治疗疫苗。本文使用生物信息学方法对中国流行的HIV一1序列进行了辅助受体嗜性分析，以及对所有的HIV—l序列进行ACA和UAH位点分析，同时也对HCV流行亚型做了ACA和UAH位点分析。另外，本文还对HIV一1荧光实时定量RT-PCR方法的建立进行了初步研究。主要结果如下：1．使用R5X4-pred软件，对中国流行的HIV-IV3序列进行辅助受体预测分析发现，几乎所有的C亚型、CRF07一BC和CRF08一

2、BC重组型病毒株都是R5型，B亚型和CRFOI—AE重组型中也分别有62．6％和59．1％是R5型，表明R5比X4型更加流行。在不同的流行年份中，R5型始终保持稳定的流行趋势。另外我们也发现HIV-I的辅助受体嗜性与不同亚型有关，与传播途径无关。进一步分析发现，C亚型、CRF07一BC和CRF08一BC重组型病毒株的V3区序列比B亚型和CRFOI—AE重组型V3区序列有更好的基因同源性。这些发现表明CCR5拮抗剂可能为未来中国AIDS治疗提供帮助，R5型病毒株对于AIDS疫苗的研究也很有价值。2．细菌MazF和PemK分别能特异性剪切单链RNA

3、中ACA和UAH位点，具有应用于AIDS基因治疗的潜在价值。为分析HIV-I和HCV基因组中这2个酶的酶切位点，我们从HIVDatabases和HCVDatabases下载了HIV一1和HCV各亚型的基因组序列，使用Notepad软件统计其中ACA位点数目、UAH位点数目以及组成UAH的UAC、UAA和UAU位点数目，并用Excel软件对它们出现的概率进行比较。发现除少数亚型(包括D、F和G)的vpu基因中ACA位点及J亚型的nef基因中UAU中国流行HIH黜姊挫分杯HIv-1和Hcv基因缈例ACA和UAH位鼢啐斤及HIv-1彭唤嗷R1弧彤拉位

4、点出现概率较低外，其它HIV一1基因中ACA位点和UAH位点出现概率相差不大，没有偏高或偏低的异常现象。在HCV分析中，除1a和1b的p7基因中ACA较低以及1a中NS4A较低外，ACA和UAH位点出现的概率也相差不大。这为MazF和PemK提供了良好的特异性剪切条件。另有研究表明，利用MazEF毒素一抗毒素系统构建的方法在体外能有效的剪切HIV-IRNA上的ACA位点，阻断蛋白的合成，抑制HIV-I病毒的增殖，达到治疗的目的。我们的结果表明，各亚型HIV一1和HCV基因组中具有大量MzaF和PemIK的酶切位点，因此，这2个毒素蛋白可以用于A

5、IDS和丙型肝炎的基因治疗。3．对中国流行的所有亚型和重组型HIV毒株进行序列分析，在gag区设计一对能有效扩增约196bp片段的引物。通过RT—PCR扩增、TA克隆后制成标准品。通过SYBRGreenI实时荧光定量PCR反应，绘制了标准曲线，初步完成HIV一1核酸定量测定方法的建立。关键词：人类免疫缺陷病毒，V3，MazEF毒素一抗毒素系统，丙型肝炎病毒，实时荧光定量PCR，标准品江苏大学硕士学位论文ABSTRACTAcquiredimmunodeficiencysyndrome(AIDS)iscausedbyhumanimmunodefic

6、iencyvirus(HIV)．Currently,HIVinfectionhasbecomeaseriousthreattohumanhealth．Inthisstudy,coreceptortropismcoreceptortropismandsequencecharacteristicsofChinaHIV-1V3loops，distributionsofACAandUAHSitesinGenomesofHIVr-1andHCVwereanalyzzedbybioinformaticsmethods．Inaddition，weestabl

7、ishedaHIV-1real-timefluorescentquantitativeRT-PCR．Themainresultsareasfollows：1．～lavailableChinaHIV-1V3sequencesweredownloadedfromtheLosAlamosHIVSequenceDatabase．HIV-1co—receptortropismswerepredictedbasedonthesesequencesusingR5X4一pred．TheresultsshowthatallC，CRF07-BCandCRF08一B

8、CstrainsappearedtouseCCR5forcellentry(R5strains)，whileonly62．6％ofsubtypeBan