血浆血清体液蛋白质组学

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1、血浆、血清、体液蛋白质组学研究及其应用1蛋白组学基本知识2血浆、血清蛋白组学唾液蛋白组学尿液蛋白组学脑、脊液蛋白组学一、蛋白组学基本知识34蛋白质组(proteome=protein+genome):一种细胞、组织或生物体完整基因组所对应的全套蛋白质蛋白质组学（proteomics)研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学5基本生物学问题Post-translationalmodificationProtein-proteininteractionGenome-Transcriptome-Proteome临床应用问题Diseasemarker-diagno

2、sisDrugtarget-therapyProteomics6蛋白质组研究的基本技术分离Gel-basedLiquid-basedHPLCFFESCX,RP,SECSDS-PAGE,IEF2DE鉴定MSMALDI-TOF-MSESI-MSMS-MS2D-HPLCMALDI-TOF-TOFMALDI-Q-TOFESI-MS-MSLC-ESI-MS-MS计算机技术7IEF:isoelectricfocusing(等电聚焦)2-DE：Two-dimensionalgelelectrophoresis第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离；第二向则按分子量的不同用SD

3、S-PAGE分离，把复杂蛋白混合物中的蛋白质在二维平面上分开HPLC：High-performanceliquidchromatographyorhigh-pressureliquidchromatography(高压液相色谱法)DIGE：2-DdifferenceGelElectrophoresis基本缩略词iTRAQ:Isobarictagforrelativeandabsolutequantitation同位素标记相对和绝对定量8质谱仪分为进样系统、离子源、质量分析器和检测器四部分。离子源又分为：电子轰击源(ElectronIonization，EI)化学电离

4、源(ChemicalIonization，CI)场致电离源(FI)电喷雾电离源(ElectroSprayIonization，ESI)等MS是单级质谱，适用于样品不是特别复杂的样品分析。对于复杂样品，单级质谱会出现很多干扰峰，影响测定。MS：MassSpectroscopy(质谱)MS/MS是串联四级杆质谱，通过两个质量分析器间的碰撞室进行一定能量的碰撞，选择性的扫描碰撞后得到的子离子碎片，不符合一定质量数的离子被抛弃，这就降低了背景噪音、大大提高了检测的灵敏度和准确度。基本缩略词9ESI-MS：ElectroSprayIonization-MassSpectros

5、copy，电喷雾质谱MALDI-TOF-MS：Matrix-AssistedLaserDesorptionIonization/TimeofFlightMassSpectrometry基质辅助激光解吸离子化-飞行时间质谱，是一种新型的软电离生物质谱LC-ESI-MS/MS:高效液相色谱-电喷雾串联质谱MALDI-TOF-TOF：基质辅助激光解吸离子化-串联飞行时间质谱MALDI-Q-TOF：基质辅助激光解吸离子化-三级四级杆-飞行时间质谱基本缩略词10PMF：PeptideMassFingerprinting(肽质量指纹谱)，是蛋白质被识别特异酶切位点的蛋白酶水解后

6、得到的肽片段的质量图谱蛋白质组学研究中，质谱测序一般采用两种方式：一种是利用串联质谱(MS/MS)测序；另一种是利用源后衰变(PSD：post-sourcedecay)技术测序基本缩略词IPG(EF)：ImmoblizedpHgradientsisoelectricfocusing(固相pH梯度等电聚焦)11PMF常用软件Mascot:www.matrixscience.comProfound:Prowl.rockefeller.eduPepIdent:www.expasy.ch/toolsProteinProspector:Prospector.ucsf.eduP

7、epSea:195.41.108.3812常用串联质谱检索工具SEQUEST:Field.scripps.edu/sequestPepFrag:Prowl.rockefeller.eduProteinProspector:Prospector.ucsf.eduMascot:www.matrixscience.com13ESI-MS/MSMAIDI-TOF图像分析确定差异点差异蛋白质质谱分析数据处理与生物信息学分析数据搜寻蛋白质鉴定条件A:样品条件B:样品基于2DE的差异蛋白质组分析技术流程14Providesahard-copyrecordofseparatio