亚麻SRAP-PCR反应体系的优化建立及多态性标记筛选.pdf

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1、2013年lO月甘肃农业大学学报第48卷笫5期43449JOURNALOFGANSUAGRICUITURALUNIVERSITY双月刊亚麻SRAP—PCR反应体系的优化建立及多态性标记筛选郝荣楷，张建平，党占海，赵利，李闻娟(1．甘肃农业大学农学院，甘肃兰州730070；2．甘肃省农科院作物研究所，甘肃兰州730070)摘要：以亚麻叶片DNA为模板，以Md浓度、dNTPs浓度、引物和TaqDNA聚合酶进行4因素3水平正交试验设计，对亚麻SRAP反应体系进行优化，并比较了不同浓度模板DNA对扩增效果的影响，建立了亚麻的SRAP最佳反应体系．结

2、果表明：亚麻SRAP-PCR最佳反应体系为2．5L10×Loadingbuffer、M浓度3．0mmol／I、dNTPs浓度0．25mmol／L、引物浓度0．2~mol／L、TaqDNA聚合酶1．0U、模板DNA75ng，总体积为25L_各因素对扩增反应结果均有不同影响，其中以Mg。。。浓度影响最大，TaqDNA聚合酶的影响最小．运用该体系对15份不同来源亚麻品种进行验证，证明该体系稳定可靠，并从169个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的引物组合21个．关键词：亚麻；SRAP标记；正交试验；体系优化；引物筛选中图分类号：S5

3、63．2文献标志码：A文章编号：1003—4315(2013)05—0043—07OptimizationofSRAP——PCRsystemonflaxusingorth1ogonal1d1esi●gnand1sel1ecti●onoiPri●mersHAORong—kai，ZHANGJian-ping，DANGZhan—hai。，ZHAOLi。，LIWen-juan。(1．CollegeofAgronomy，GansuAgriculturalUniversity，Lanzhou730070，China；2InstituteofCropSc

4、ience，GansuAcademyofAgriculturalSciences，Lanzhou730070。China)Abstract：AnorthogonaldesignwasusedtooptimizeaSRAP—PCRsystemwith4factors(Mg抖，dNTPs，primerandTaqpolymerase)at3levelsplustheconcentrationoftemplateDNA．TheoptimizedSRAP-PCRsystemforflaxwas：2。5Ll0×Loadingbuffer，Mg计3．0

5、mmol／L，dNTPs0．25mmol／L，primer0．2t~mol／L，TaqDNApolymerase1．0UandtemplateDNA75ng。inatotalof25gLreactionSO—lution．EachfactorhaddifferenteffectsontheresultsofPCR．Mg+concentrationhadthegreatesteffectsandTaqDNApolymerasehadtheleasteffects．TheoptimizedSRAP-PCRsystemwastestedonfif

6、teenflaxgermplasmsandshowntobesteadyandreliable．21primercombinationswereselectedwithabundantpoly—morphismfrom169primercombinations．Keywords：flax；SRAPmarker；orthogonaldesign；optimizationofsystem；selectionofprimers相关序列扩增多态性(sequence-relatedampli物系Li与Quiros博士开发出来的以PCR为基础fledp

7、olymorphism，SRAP)是美国加州大学蔬菜作的分子标记方法，该标记通过1对引物对基因的第一作者：郝荣楷(1987一)，男，硕士研究生，研究方向为亚麻分子标记辅助育种．Email：harik314@yahoo．corgi．cn通信作者：党占海，男，研究员，博士生导师，从事亚麻遗传育种研究．Email：Dangzhh1955@yahoo．corn,en基金项目：国家胡麻产业技术体系项目(CARS-17一GW-02)；国家自然科学基金项目(31260355)．收稿日期：2013—03—28；修回日期：2013—04—1944甘肃农业大学

8、学报ORF(openreadingframe，ORFs)的特定区域进行1材料与方法扩增[1]，正向引物含有一段14个碱基的CCGG核心序列，对外显子区域进行特异扩增；反向序列则含