部分柿属植物TRAP标记反应体系的建立与引物筛选-论文.pdf

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1、江西农业学报2014，26(9)：1—5ActaAgrieulturaeJiangxi部分柿属植物TRAP标记反应体系的建立与引物筛选罗纯，吴迪，张青林，罗正荣(1．华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室，湖北武汉430070；2．农业部热带果树生物学重点实验室／中国热带农业科学院南亚热带作物研究所，广东湛江524091)摘要：为了建立柿属植物目标区域扩增多态性(TRAP)标记技术体系，对影响TRAP—PCR的Mg2、dNTPs、raqDNA聚合酶、固定引物和随机引物浓度比5个因素进行了优化。确定优化的反应体系为：

2、模板DNA40ng，buffer1×，Mg“1．4mmol／L，dNTPs0．2mmol／L，固定引物和随机引物浓度比为11：1，Taq酶0．5U，反应总体积为15L。利用柿属植物EST数据库信息设计锚定引物10条，与11条随机引物组合共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行TRAP—PCR扩增，其中84个引物组合能扩增出清晰条带，占引物总量的76．36％；36个引物组合表现出良好的多态性扩增，并在2O份柿属植物中进行了引物验证。关键词：柿属植物；TRAP；反应体系优化；引物筛选中图分类号：Q949．775

3、．3文献标志码：A文章编号：1001—8581(2014)09—0001—05EstablishmentofReactionSystemandPrimerScreeningforTRAPMarkerinSomePlantsinDiospyrosLUOChun，WUDi，ZHANGQing一1in，LUOZheng—rong(1．KeyLaboratoryofHorticulturalPlantBiologyofMinistryofEducation，HuazhongAgriculturalUniversity，Wuha

4、n430070，China；2．KeyLaboratoryofTropicalFruitTreeBiology，MinistryofAgrieuhure；SouthSubtropicalCropResearchInstitute，Chi—neseAcademyofTropicalAgriculturalSciences，Zha~iang524091，China)Abstract：TheconcentrationsofMg2，dNTPs，TaqDNApolymeraseandprimerswhichaffectedTRA

5、P(targetregionampli-fiedpolymorphism)一PCRreactionwereoptimizedfortheestablishmentofTRAPmolecularmarkersysteminDiospyrosspp．Theoptimumreactionsystemwasacquiredasfollows：templateDNA40ng，bufer1×，M1．4mmol／L，dNTPs0．2mmol／L，fixedprimer—arbitraryprimerconcentrationrati

6、o11：1，TaqDNApolymerase0．5U，andtotalvolumeofreactionsystem15txL．Eighty—fourTRAPprimercombinationswhichshowedrobustPCRamplificationin6persimmongenotypeswerescreenedoutfrom110primercombinations(10fixedprimerstimes11arbitraryprimers)．Thirty—sixpolymorphieprimercombi

7、nationswereverifiedin20pemimmongenotypes．Keywords：PlantsinDiospyros；TRAP；Reactionsystemoptimization；Primerscreening目标区域扩增多态性(targetregionamplifiedpoly—的特点，目前已经在很多园艺植物中得到成功应用。morphism，TRAP)也叫做靶位区域扩增多态性，是一种在构建遗传图谱方面，Hu等采用TRAP分子标记技基于PCR的分子标记技术。由美国农业部北方作物科术分别以菜豆的2个R

8、I群体为材料，构建了菜豆遗传学实验室Hu和Vick_1开发，是借助大规模测序技术产图谱，还将TRAP分子标记技术应用到向Et葵图谱的生的许多生物的大量序列信息，利用生物信息学工具构建上。Liu等把SSR和TRAP分子标记技术联合和表达序列标签(expressedsequencetag，EST)数据库利用，构建了红春小麦重组体的遗传