猪嵴病毒VP1基因序列测定与分析.pdf

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1、南方农业学报JournalofSouthernAgriculture2016，47(4)：670-6731SSN2095—1191；CODENNNXAABhttp：／／www．nf．yxb．tomDOI：10．3969／j：issn．2095—1191．2016．04．670猪嵴病毒佃j基因序列测定与分析易春华-，谢齐斌-，唐薇薇1，朱春刚I，秦长串2，伍和明1，韦达有P(1桂林市动物疫病预防控制中心，广西桂林541001；2临桂县动物疫病预防控制中心，广西临桂541007)摘要：【目的】对猪嵴病毒(PKV)VPl基因进行测序与同源性分析，确认其可能来源，为今后的生物学特性分析及仔

2、猪腹泻防治工作提供科学依据。【方法】采用RT．PCR对GXPKV．1毒株VPl基因进行克隆，运用DNASTAR软件包qbMegalign程序对测序获得的v引基因进行核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性分析。【结果】GXPKV．1毒株VPl基因全长762bp，共编码254个氨基酸，与GenBank已公布的13株参考毒株VPI基因的核苷酸同源性为74．10／o-85．4％，推导氨基酸同源性为81．1％-93．3％。根据VPl基因推导氨基酸序列进行系统发育进化分析，发现GXPKV．1毒株与Gansu．2012、JSl419等国内参考毒株同属于同一亚群，而与瑞士分离株Swine．S．1—20

3、07、泰国分离株THA．2008、美国分离株H24．2012．USA及四川分离株CHN．SC．2011-02等的亲缘关系较远。【结论】猪嵴病毒GXPKV．1毒株起源于国内流行毒株的传播，在新的环境下虽然其VPI基因核苷酸发生变异，但由于同义翻译，推导氨基酸的同源性仍然较高，说明碱基突变并未引起蛋白结构的改变。关键词：猪嵴病毒；VPI基因；序列测定；分析中图分类号：$852．659．6文献标志码：A文章编号：2095—1191(2016)04--0670--04Sequenceinl乏andanalysis“。聊t乏eneof。kobuvianalysisolVoroclne0Duw

4、uusrIYIChun—hual，XIEQi—bin1，TANGWei—weil，ZHUChun—gang1，QINChang—chuan2，WUHe-ming1，WEIDa-youl‘(IGulinCenterforAnimalDiseasePreventionandControl，Guilin，Guangxi541001，China；2LinguiCenterforAnimalDiseasePreventionandControl，Lingui，Guangxi541007，China)Abstract：【Objecfive]Thepresentexperimentwascond

5、uctedtoanalyzesequenceandhomologyofVPIgeneofprocinekobuvirus(PKV)，andascertainitspossibleseuil3e，inordertoprovidescientificbasisforbiologicalcharacteris—ticsanalysisandpreventionofpigletdiarrheainfuture．【Method】TheV纠geneWasclonedfromstrainGXPKV-1usingRT—PCRtechnique．Thehomologyofitsnucleotides

6、equenceandthededucedaminoacidsequenceWasanalysedbyusingMegalignprograminDNASTARsoftwarepackages．【Restdt】Theresultsshowedthat，theGXPKV一1V纠genewas762bpinlength，encoding254aminoacids．They川geneofGXPKV-1sharednucleotidehomologyof74．1％-85．4％andaminoacidhomologyof81．1％-93．3％withthoseof13strainspublis

7、hedinGenBank．Thephylogeneticevolutionanalysisshowedthat，GXPKV—Istain，Gansu一2012andJSl419belongedtosamesubgroup，andGXPKV一1stainhaddistantge—neticrelationshipwithSwissisolatesSwine—S—l一2007，ThailandisolatesTHA-2008，UnitedStatesisolatesH24