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1、热带医学杂志2006年4月第6卷第4期·467·[文章编号]1672-3619(2006)04-0467-03·综述·SRAP分子标记及其应用概述李巧燕,林瑞庆,朱兴全(华南农业大学兽医学院寄生虫学教研室,广州510640)【摘要】序列相关扩增多态性(SRAP)是近年来发展起来的一种新型分子标记系统,它具有简便、中等产量、高共显性、重复性、易于分离条带及测序等优点,最大的特点是它针对的是基因的阅读框区域(ORFs)。SRAP标记中,引物的设计是关键,它是基于两个引物的扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游
2、引物长18bp,特异扩增的是内含子及启动子区域,由于个体不同以及物种之间的内含子、启动子之间间隔长度不同而产生多态性。两个引物均由5P端14～15bp的核心序列,和3’端3个选择性碱基组成,其中核心序列又由长为10～11bp的无特异性的填充序列以及CCGG(正向引物中),或AATT(反向引物中)组成。且正向和反向引物中的填充序列必须不同。扩增的过程采用复性变温法,前5个循环复性温度为35℃,后30～35个循环则为50℃,扩增后的DNA片段可用聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶电泳分离,EB、银染或放射自显影检测。目前SRAP已开始
3、在植物种质资源鉴定评价、种缘进化关系、遗传图谱构建、基因定位、重要性状标记以及比较基因组学方面得到成功应用。【关键词】SRAP;分子标记;ORFs;PCR中图分类号:R392.11文献标识码:A分子生物学的飞速发展,尤其是聚合酶链式反应和内含子里AT含量丰富的特点来设计引物进行扩增,因(PCR)这一技术的出现使得分子标记技术日益丰富。分子不同个体的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态标记技术主要可以分为两类,基于杂交的标记技术和基于性。SRAP标记已在水稻、棉花、番茄、马铃薯、柑橘、大蒜、PCR的标记技术。近年来基
4、于DNA多态性和PCR的分子辣椒、黄瓜、芹菜、油菜、拟南芥、小麦等植物研究中得到成标记方法已有30多种。大大方便了遗传图谱的构建、基因功应用,具有简便、中等产量、高共显性、重复性、易于分离定位、重要性状标记、克隆、品种指纹图谱绘制及遗传纯度条带及测序等优点,在基因组中分布均匀,适合基因定位、检测,同时也不断地提高了效率。目前常用的分子标记技基因克隆、遗传图谱构建等生物学研究。术主要有限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度2SRAP标记的原理多态性(AFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、简单重复序列(SS
5、R)、SCAR和单核苷酸多态性(SNP)、半特异性在SRAP分子标记中引物的设计是关键,它利用独特PCR以及表达序列标签(EST)等。由于它们各自的复杂的引物设计对ORFs(openreadingframes,开放式阅读框)性、稳定性及产生遗传信息的能力不同,各有其优点和不进行扩增。正向引物长17bp,5’端的前10bp是一段非特足。为此,本文介绍近年来发展起来的一种新型分子标记异性的填充序列,紧接着是CCGG,它们一起组成核心序技术———序列相关扩增多态性(SRAP),对其发展、原理及列,然后是靠着3’端的3个选择性
6、碱基,对外显子进行扩应用作一概述。增。反向引物长18bp,即由5’的11个无特异性的填充序列和紧接着的AATT组成的核心序列,及3’的3个选择性1SRAP标记的概念碱基,对内含子和启动子区域进行特异扩增;因个体不同2001年,由美国加州大学蔬菜作物系Li和Quiros[1]博以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性士提出的序列相关扩增多态性(sequence-relatedamplified扩增产物。polymorphism,SRAP),又称为基于序列扩增多态性3SRAP分子标记的技术流程(sequence-
7、basedamplifiedpolymorphism,SBAP)[2],也有的文献译为相关序列扩增多态性。它是一种新型的基于PCR3.1SRAP标记的引物设计的标记系统。它针对基因外显子里GC含量丰富而启动子SRAP标记分析中共有两套引物,长为17bp的正向引物和长为18bp的反向引物,也有用19bp反向引物的。这些是由Li和Quiros在发展SRAP流程时对引物大小基金项目:国家杰出青年科学基金项目(No.30225033);广东省自进行实验发现的[1]。长为17bp的正向引物由14bp的核然科学基金重点项目(No.
8、36835)。作者简介:李巧燕(1981～),女,在读硕士生,预防兽医学专业,研心序列和3P端的3个可选择性碱基组成,核心序列由5P究方向为寄生虫分子生物学。端的10个填充序列和紧接着的CCGG组成。3个可选择·468·JournalofTropicalMedicineVol.6No.4Apr.2006性的碱基是可以变化的,它的变
