分子标记技术及其应用

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1、分子标记技术及其应用遗传标记主要有四种类型:形态标记（morphologicalmarker）细胞标记（cytologicalmarkers）生化标记（Biochemicalmarker）分子标记（molecularmarker）分子标记的优越性：直接以DNA形式出现，生物体的各个组织、各发育时期均可检测到，不受季节、环境的限制，不存在表达与否的问题；数量极多，遍及整个基因组；多态性高，利用大量引物、探针可完成覆盖基因组的分析；表现为中性，即不影响目标性状的表达，与不良性状无必然的连锁；许多标记为共显性。1.几种常用的分子标记技术基于Southern杂

2、交的分子标记基于PCR技术的分子标记1.1基于Southern杂交的分子标记限制性片段长度多态性（RestrictionFragmentLengthPolymorphism）小卫星DNA（MinisatelliteDNA）1.1基于Southern杂交的分子标记限制性片段长度多态性，简称RFLP优点：稳定，是一种共显性标记，可区分纯合体与杂合体。缺点：分析所需DNA量较大，步骤较多，周期长，制备探针及检测中要用到放射性同位素RestrictionfragmentlengthpolymorphismanalysisRFLPBasedonthemutati

3、onsRFLP1.1基于Southern杂交的分子标记小卫星DNA又称数目可变串联重复序列（VariableNumberofTandemRepeat，VNTR）是一种重复DNA小序列，为10-几百核苷酸，拷贝数10-10000不等。缺点：多态性分布集中，合成探针困难，应用并不广泛。GeneticfingerprintingParentsandoffspringhavesimilargeneticfingerprints1.2基于PCR技术的分子标记随机扩增片段长度多态性DNA（RandomAmplifiedPolymorphicDNA）特异性扩增子多态

4、性（SpecificAmplificonPolymorphism，SAP）简单重复序列（SimpleSequenceRepeat，SSR）扩增片段长度多态性（AmplifiedFragmentLengthPolymorphism，AFLP）1.2基于PCR技术的分子标记随机扩增片段长度多态性DNA，简称RAPD技术是由Williams和Welsh（1990）同时发展起来的一项遗传标记技术。RAPD一般采用10个核苷酸的DNA序列为引物，扩增时退火温度降至35℃左右。RAPD标记1.2基于PCR技术的分子标记RAPD的优点：无种属特异性适合于自动化分析不

5、需制备探针、杂交等程序，成本较低。DNA用量少，允许快速、简单地分离基因组DNA。1.2基于PCR技术的分子标记RAPD缺点：是一种显性标记稳定性较差1.2基于PCR技术的分子标记特异性扩增子多态性（SpecificAmplificonPolymorphism，SAP）或称序标位（SequenceTaggedSites，STS）包括以下两种：酶切扩增多态性序列（CleavedAmplifiedPolymorphicSequence，CAP）序列特异性扩增区（Sequence-characterizedAmplifiedRegion，SCAR）和位点特异

6、相关引物（Allele－SpecificAssociatedPrimers，ASAP）CAP标记Indica(1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATJaponica(1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATIndica(51)TACTTGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTGJaponica(51)TACTAGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATAC

7、AGTTGATGGTGIndica(101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAGJaponica(101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAGIndica(151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTJaponica(151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTSBE1片段LeftprimerRigh

8、tprimerSBE1CAPSmarkerderivedfrom3’-endwasusedto