分子标记技术及其应用 12Chapter12 STS

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1、Chapter12STS(SequenceTaggedSite)由Olson于1989年开发成功。STS（Sequence-TaggedSite）序列标签位点:是基因组上定位明确、作为界标并能通过PCR扩增被唯一操作的短的、单拷贝DNA序列，用于产生作图位点，即测定一系列STS的次序即可作出基因组区域的图谱。STSinclude:SimpleSequenceRepeatPolymorphisms(SSRorSSRP),AnchoredSimpleSequenceRepeats(ASSR),Sequence-characterizedamplifiedregions(SCAR),Cleaved

2、AmplifiedPolymorphismSequences(CAPS),SinglePrimerAmplificationReaction(SPAR)andsoon.12.1IntroductionCleavedAmplifiedPolymorphismSequences——酶切扩增多态性序列CAPS标记（KoniecznyandAusubel1993）是特异引物PCR与限制性酶切相结合而产生的一种DNA标记，它实际上是一些特异引物PCR标记（如SCAR和STS）的一种延伸。当SCAR或STS的特异扩增产物的电泳谱带不表现多态性时，一种补救办法就是用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，然后再通

3、过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性。用这种方法检测到的DNA多态性就称为CAPS标记。它揭示的是特异PCR产物DNA序列内限制性酶切位点变异的信息，也表现为限制性片段长度的多态性。CAPSSinglePrimerAmplificationReaction——单引物扩增反应Guptaetal.,1994.ThistechniqueisbasedonPCR(polymerasechainreaction)amplificationofDNAmarkers,usingsingleprimersofsimplesequencerepeats(SSR)ormicrosatellites.SPAR

4、技术与RAPD技术相似的是也只用一个引物，但SPAR分析中所用的引物不是随机的，而是在SSR的基础上设计的，例如可能的序列是(TA)10或(CGA)6。扩增的是SSR之间的DNA序列。又称为MP-PCR(microsatellite-primedPCR)。SPARSequencetaggedsite(STS):Short(200to500basepairs)DNAsequencethathasasingleoccurrenceinthegenomeandwhoselocationandbasesequenceareknown.Detectablebypolymerasechainreacti

5、on,STSsareusefulforlocalizingandorientingthemappingandsequencedatareportedfrommanydifferentlaboratoriesandserveaslandmarksonthedevelopingphysicalmapofthegenome.STS是指基因组中长度为200-500bp，且核苷酸顺序已知的单拷贝序列，通过PCR可将其专一扩增出来。12.2ConceptandprincipleofSTSConcept基本原理:依据单拷贝的RFLP探针、微卫星序列、Alu因子等两端序列，设计合适的引物，进行PCR扩增，电

6、泳显示扩增产物多态性。有时扩增产物还需要特定的限制性内切酶酶解后才能表现出多态性。目前用于STS引物设计的主要是RFLP探针。Principle标记来源广，数量多；共显性遗传；STS在基因组中往往只出现一次，从而能够界定基因组的特异位点;技术简便，检测方便；STS标记采用常规PCR所用的引物长度，结果稳定可靠。与SSR标记一样，开发依赖于序列分析及引物合成，成本较高；多态性常常低于相应的RFLP等标记，这是因为STS仅仅检测该引物所分布区域的片段差异或酶切位置差异，而RFLP标记的多态性往往可能是探针以外区域的差异，这一部分差异无法转化成STS标记的多态性。12.3Characteristi

7、cDNAextractionandpurification12.4ProcedureRFLPSSRPrimerCAPSPCRAmplificationGelelectrophoresisDataanalysisAludbSTS-DatabaseofSequenceTaggedSites(NCBI)restrictionendonucleasePCP-productDigestionSteps-1Thawthe