四种水体微生物总DNA提取方法的比较.pdf

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1、第53卷第10期湖北农业科学Vol_53No．102014年5月HnbeiAgriculturalSciencesMay．，2014四种水体微生物总DNA提取方法的比较赖树锦，郭佳，陶新园，李阳，杨振飞，陈鑫，李晓华(中南民族大学生命科学学院／生物技术国家民委重点实验室．武汉430074)摘要：用Roling法、SDS法、CTAB改进法和Crump改进法提取水体微生物总DNA，并以细茵的16SrD—NA通用引物进行PCR扩增研究结果表明．四种提取方法提取的水体微生物总DNA大小都在23kh以上。Roling法提取的水

2、体微生物总DNA的浓度明显小于其他3种方法．Crump改进法提取的水体微生物总DNA的A260280和A260比值高于其他3种方法，Crump改进法所提取的微生物总DNA可以直接用于后续的PCR扩增试验关键词：水体微生物；总DNA提取：DNA质量；PCR扩增中图分类号：Q939文献标识码：A文章编号：0439—8114(2014)10—2440—03ComparisonofSeveralMethodsforExtractionofTotalCommunityforWaterLAIShu-jin，GUOJia，TAOX

3、in-yuan，LIYang，YANGZhen-fei，CHENXin，LIXiao-hua(KeyLabforBiotechnologyoftheStateEthnicAffairsCommission／CollegeofLifeScience，South-CentralUniversityforNationalitiesWuhan430074，China)Abstract：ThetotalcommunityDNAfromwaterwasextractedbytheRolingmethod，SDSmethod，CT

4、ABmethodandCrumpmethodrespectively，thentheuniversalpfimemfor16SrDNAwasusedforPCRamplification．TheresuhsshowedthattheDNAextractionswereabove23．1kb．ThelesseramountofDNAandlittleimpuritieswereextractedbyRolingmethod，HighestamountofDNAwasextractedbyCrumpmethod．Whic

5、hA280andA~／A230ratioishigherthanotherthreemeth—ods．Keywords：water；DNAextraction；DNAqulity；PCRamplification水体中微生物种类繁多、数量巨大。污染的水和酶切分析的进行因此从水体中提取高质量的体中微生物尤其多，种类仅次于土壤⋯。微生物具有微生物总DNA是分子水平研究水体微生物多样性很强的降解和转化污染物的能力．因此在被污染的的重要步骤水体中起着重要的作用[2-3]微生物的多样性和群落本研究通过对四种水体微生物总DNA提

6、取方结构的研究一直沿用分离、培养、鉴定并描述特征法进行比较分析．确定了一种较理想的水体微生物的传统方法．然而研究证明至今自然界中85％～总DNA提取方法．为更好地开发利用水体未培养99．9％的微生物不可培养．依赖传统的方法将损失微生物资源提供了有力工具。大部分微生物资源。因此，很多研究者更倾向于从1材料与方法环境中直接提取微生物的总DNA．利用16SrDNA基因序列分析来研究生态系统中微生物的种群结1．1材料构[。水样取自武汉市南湖由于水体环境复杂．从水体中抽提的微生物总1．2水样预处理DNA存在很多抑制因子，如腐蚀

7、酸、腐殖酸样物、酚取试验所用的新鲜南湖水样．用真空泵对其进类化合物等5_这些抑制因子会严重抑制PCR反应行过滤，压力为0．3MPA，滤膜孔径为0．22Ixm．直径收稿日期：2014—03—24基金项目：国家自然科学基金项目(31070087，30570046)；湖北省自然科学基金重点项目(2011CDA079)；国家大学生创新创业训练项目(GCX13104)；湖北省烟草公司面上资助项目(0710XYYC2012—01)作者简介：赖树锦(1987一)，男，广东阳春人，在读硕士生，研究方向为微生物环境治理，(电话)138

8、71187086(电子信箱)laishujin@126．com：通讯作者，李晓华，教授，博士，主要从事微生物与基因工程研究，(电话)027—67843541(电子信箱)lixiaohua@mail．scuec．edu．cn。第10期赖树锦等：四种水体微生物总DNA提取方法的比较2441为10em。压滤后将滤膜放置于一20℃保存．用于后GTYAC