四种微量石蜡组织dna提取方法的比较

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1、四种微量石蜡组织DNA提取方法的比较作者：黄幼生，宋伟伟，邓晓佳，罗志飞，解娜【摘要】目的：探讨从微量福尔马林固定石蜡包埋组织（formalinfixationandparaffinembeddedtissues，FFPET)中提取DNA的简单而高效的方法。方法：采用Chelex100提取法、酚氯仿抽提法、单纯消化法、水煮法4种方法提取组织DNA；应用聚合酶链反应扩增100～500bp长度DNA片段，然后进行电泳分析，1年后重复PCR电泳分析。结果：小于200bp长度DNA片段扩增，Chelex100提取法、单纯消化法阳性率分别为88.8%、78.8%，明显优于酚氯仿抽提法（1

2、5.0%）（P<0.01）及水煮法（21.3%）（P<0.01）。随着扩增长度的增加，PCR扩增效率逐渐降低，Chelex100提取法PCR反应总阳性率为82.5%，单纯消化法为66.5%，水煮法为13.4%，酚氯仿抽提法为13.4%。1年后重复PCR总阳性率分别为80.1%、31.7%、2.5%、9.2%。结论：Chelex100提取法方便简单，适用于微量石蜡组织DNA扩增分析；单纯消化法及水煮法在一定条件下适用于微量石蜡组织短片段DNA的扩增。【关键词】石蜡组织;DNA提取;Chelex100提取法［ABSTRACT］Objective:Toexploreth

3、esimpleandeffective12methodforDNAextractionfrommicroamountformalinfixationandparaffinembeddedtissues(FFPET).Methods:TheDNAwasextractedbyfourdifferentmethods:Chelex100extraction,phenolchloroformpurification,simpledigestionmethodandwatercookingmethod.TheDNAfragmentwith100500bplengthwasamplifi

4、edbyPCR.Itwasanalyzedbyelectrophoresis,andtheprocedureincludingPCRandanalysiswasrepeated1yearlater.Results:ForamplificationofDNAlessthan200bp,thepositiveratesofChelex100groupandsimpledigestiongroupwere88.8%and78.8%,respectively,whichweresignificantlyeffectivethanphenolchloroformpurificationg

5、roup(15.0%)(P<0.01)andwatercookinggroup(21.3%)(P<0.01).Theamplicationefficacydecreasedasthelengthincrease.ThetotalpositiveratesofPCRwere82.5%inChelex100group,66.5%insimpledigestiongroup,13.4%bothinwatercookinggroupandphenolchlorformgroup.Andthepositiveratesinrepeatedassessmentwere80.1%

6、,31.7%,2.5%and9.2%.Conclusions:Chelex100extrationmethodiseasyandapplicableinamplificationanalysisofDNAextractedfrommircoamountparaffinembeddedtissues;whilesimpledigestionmethodandwatercookingmethodaresuitabletoanalysisofshortlengthDNAfragmentextractedfrommircoamountparaffinembeddedtissues.12［

7、KEYWORDS］Paraffinembeddedtissue;DNAextraction;Chelex100extraction医院病理科存在大量各种疾病甲醛固定石蜡包埋组织（formalinfixedandparaffinembeddedtissues，FFPET），为分子病理研究提供了大量的信息来源。然而福尔马林固定后的蜡块包埋组织DNA降解严重［1］，档存FFPET组织切取量有限，传统酚氯仿提取DNA步骤繁杂，提取过程损失严重等都制约了石蜡组织在分子病理学中