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1、石蜡包埋淋巴组织中DNA提取方法的比较张淼贺海燕李晶李燕肖红燕孙琪王平梁颖简莉人(宁夏回族自治区人民医院病理科，银川750021)宁夏自然科学基金项目：NZ09149[摘要]目的通过比较三种从石蜡组织中提取DNA的不同方法，寻找一种高效、经济而简便的方法指导实际工作。方法选取结外淋巴组织增生性病变8例，采取三种方法提取DNA,分别是酚-氯仿提纯法，快速法和试剂盒法。通过检测提取DNA的浓度和纯度，PCR扩增效果，比较三种DNA提取方法的优劣。结果试剂盒法提取DNAOD260/280比值在1.91-1.96间；酚-氯仿提纯法OD值在1.32-1.68间；快速法OD值在
2、1.19-1.36间。其中试剂盒提取DNA最为稳定。3种方法提取的DNA为模板行PCR扩增，阳性率无统计学意义。结论快速法简单、无毒、需要的样品少，是一种值得推荐的DNA提取方法。[关键词]眼附属器淋巴组织增生性病变基因重排ComparisonstudyofthreeDNAextractionmethodsfromlymphoidparaffin-embeddedtissuesHeHaiYanZhangMiaoLiJin(ningxiahuiautonomousregionpeople'shospital,pathologistsyinchuan750021)Nin
3、gxianaturalsciencefundproject:NZ09149[abstract]objectivetoseekaneffectiveeconomicandsimpleDNAExtractionmethodsfromUnbuferedFomalirr-Fixedandparaffin-Embeddedtissue,threechosenmethodswereemployedinourstudyMethods8blocksoflymphoidtissuewereusedinthetest.Threechosenmethodsrespectivelyares
4、implydigestionandboiling,phenol/chloroformpurification,andcommercialKitmethodsresultsConclusion随着分子生物学的发展，对淋巴瘤的探讨已进入基因研究水平，基因重排克隆性分析技术已成为淋巴瘤诊断重要的辅助手段。而提取的DNA的质量将直接影响基因重排的结果。目前，石蜡包埋组织（PEF）是临床病理诊断中最常用且易获得的组织。PET中提取DNA的方法已有不少报道[1]。常用的方法包括酚-氯仿提纯法，试剂盒法和各种粗提法。还报道有一些简便快速的提取方法[2]。本研究通过对三种从PEF中
5、提取DNA方法的比较，结合淋巴瘤基因重排检测，寻找一种适用于临床病理诊断的可靠、合理、经济、简便的方法。1.材料与方法1.1材料：1.1.1选择本院病理科2003-2011年间经10％中性福尔马林固定、石蜡包埋存档的结外B细胞淋巴瘤蜡块8例。对所有病例，均由两名高年资医师重新复核。所有病例均为结外B细胞淋巴瘤，其中粘膜相关结外边缘区B细胞淋巴瘤(MALT)5例，弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)3例。1.1.2.PCR引物及反应条件：一致性V区引物(FR3A),J区引物(LJH,VLJH)由上海生工生物工程技术公司合成。引物序列[3]:FR3A:5’-ACACGGC（
6、C/T）(G/C)TGTATTACTGT-3’；LJH:5’-TGAGGAGACGGTGACC-3’；VLJH:5’-GTGACCAGGGTNCCTTGGCCCCAG-3’。内参照选用ß-globin引物序列[4]。Tap酶由北京全式金近生物技术公司合成。反应体系：TemplateDNA0.5μl，上下游引物各1μl,10xbuffer5μl，dNTPs4μl，TransTap酶0.5μl，补去核酶水使反应体系至50μl。1.2．DNA提取方法快速法[5]:每例标本在HE切片对照下,选取病变区域,以消毒刀片挑取约6mm×3mm×0.5mm大小的石蜡组织块,小心置于0
7、.2mlPCR管中,并加入1×PCR缓冲液(20mmol/LTris-HCl,20mmol/LKCl,pH9.0)50μL,以加样枪头碎裂组织片。于水域箱100℃加热15min,13200r/min离心5min,吸取蜡层与组织片之间的澄清液作为DNA粗提产物,不经纯化直接于-20℃保存,每次PCR反应取5μl作为模板。酚/氯仿提纯法：切取8～10μm的组织切片4～5张,置于1.5ml离心管中,加入200～250μl消化液,加入蛋白酶K(最终浓度为200μg/ml),52℃消化3～5h,12000r/min,5min离心后,将上清吸入另一离心管中。加入250μl饱
