生物信息学实验报告材料.doc

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1、生物信息学实验报告：__王思_______学号：___031040103____指导老师：__宋晓峰_航空航天大学2013年4月实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户以及其中的主要资源。2.了解主要数据库的容及结构，理解各数据库注释的含义。3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。二．实验容：（1）国际与国的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国CBI、BioSino的熟悉及容的了解。核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：.ncbi.n

2、lm.nih.gov/EBI网址：.ebi.ac.uk/EMBL网址：.ebi.ac.uk/embl蛋白质序列数据库：SwissProt、ExPASy网址：expasy.org/Uniprot网址：.uniprot.org/蛋白质结构数据库：PDB网址：.rcsb.org/pdb/（2）数据库容、结构与注释的浏览分别读取ThespikeproteinofSARS-CoronaVirus在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列:PDB蛋白质

3、结构序列:其PDB文件见附件SARS-CoronaVirus.PDB文件分别读取HeamagglutininGenesofH9N2SubtypeInfluenzaAViruses（禽流感H9N2亚型HA基因）在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列PDB蛋白质结构序列其PDB文件见附件H9N2.PDB文件（3）文献信息的查找与管理有效地使用NCBIPubMed提供的各种主要功能，查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。查询Inf

4、luenzaAViruses分子进化研究方向的文章。二．实验要求：（1）以其中的一个信息中心为例，列举其中的主要资源（数据库、网上分析、生物计算、数据下载等）。以NCBI为例，其主要数据库：BioProject(formerlyGenomeProject)、ConservedDomainDatabase(CDD)、DatabaseofGenotypesandPhenotypes(dbGaP)、GenBank、InfluenzaVirus、JournalsinNCBIDatabases、MeSHDatabase、NucleotideDatabase、Onlin

5、eMendelianInheritanceinAnimals(OMIA)、ProteinClusters、ProteinDatabas、PubMed、ReferenceSequence(RefSeq)、Structure(MolecularModelingDatabase)、ThirdPartyAnnotation(TPA)Database、UniGene、ViralGenomes等网上分析：BLAST、VecScreen、ORFFinder、COGnitor等生物计算：数据下载功能如下：（2）能够解释给定序列或基因组数据的含义。（3）检索文献的技巧和效率。

6、实验二序列多重比对及进化分析一．实验目的：1.学习序列比对工具BLAST以及ClustalW等的使用，能够对序列数据进行初步的分析。2.掌握基于DNA序列和蛋白质序列构建系统进化树的常用方法和常用工具。二．实验容：1.在GeneBank数据库中，检索10条轮状病毒（Homosapiens,Rotavirus）VP7基因的DNA序列，并使用CLUSTALW软件对序列进行多重序列比对；检索结果详见电子稿附件VP7文件夹：senquence1.fasta-senquence10.fasta多重序列比对结果：多重序列比对结果详见电子稿附件：senquence.aln

7、文件1.在GeneBank数据库中检索10条SARS病毒Spike蛋白的氨基酸序列，使用CLUSTALX软件对这十条序列进行多重序列比对；检索结果详见电子稿附件sara文件夹：s0.fasta–s9.fasta多重序列比对结果多重序列比对结果详见电子稿附件sara文件夹：s9.aln2.使用ClustalW软件或其他软件包构建上述DNA分子系统发生树。系统发生树如下：二．实验要求：1.提交使用CLUSTALX及PHYLIP软件进行多重序列比对及构建系统发生树的结果；2.总结多重序列比对及构建系统发生树的关键事项。选择合适的比对算法，构建系统发生树时适当选择独

8、立关系的分支序列。实验三蛋白质结构分析及结构预测一．