生物信息学-序列比对-实验报告

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1、南方医科大学实验报告姓名学号专业年级基础学院生物信息学教研室题目序列比对日期实验者一、实验目的掌握BLAST2的使用和功能了解点阵法进行双序列比对的优点二、实验器材电脑三、方法与步骤见下文四、结果与讨论1，例题中其它的最佳比对结果2，用动态规划法找出两序列的所有最佳比对，要求写出详细过程。打分矩阵采用{（4，－3，－4}，即匹配得4分，不匹配得－3分，空位得－4分。序列1：AAAG，序列2：ACG。（1）给动态规划矩阵赋初值0AAAG00-4-8-12-16A-4C-8G-12（2）按照最优分的递归算法填充动态规划矩阵0AAAG00-4-8-12-16A-440-

2、4-8C-801-3-7G-12-4-321（3）从最后一个单元格开始，回溯最优化比对路径•1，利用BLAST2进行双序列比对。–RBP4在人体的旁系同源蛋白：RBP4（NP_006735），载脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）进行两两比对，并得到各自的核酸序列进行两两比对。–比对全部采用默认参数。–结果用截图。–没有显著相似的注明“Nosignificantsimilarityfound”即可。•2，双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（NP_006735），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1），并

3、对各自核酸进行两两比对。1RBP4（NP_006735），载脂蛋白D（NP_001638）RBP4（NP_006735），前列腺素D2合成酶（NP_000945）载脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）•双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（NP_006735），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1）。3，点阵法序列1自身比对1AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT61GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAG

4、ACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT121GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC序列2与序列3比对：两者为反向互补序列，可以发现可能的发夹状结构。序列2：GGGATCACGTATGCATTAGCATACATCACGCGG序列3：CCGCGTGATGTATGCTAATGCATACGTGATCCC