生物信息学实验报告实验6.doc

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1、上海师范大学___生物信息学___实验报告实验序号___6___实验名称____蛋白质二级结构的预测____专业____生物技术____年级___09___姓名_徐武杰_学号__090153530__日期__10.17__实验六一，实验内容1，使用软件anthewin（软件在桌面文件夹“xiao”中）用Garnier的方法预测蛋白质序列(GYKGVWRVDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMR)的二级结构(序列在文件夹“实验6-data”中)，分别指出第2、第5、第11、第17、第19、第21、第29位的氨基酸二级结构类型以及各结构类型的

2、百分比。2，使用软件anthewin（软件在桌面文件夹“xiao”中）用Gibrat方法预测蛋白质序列(GYKGVWRVDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMR)的二级结构(序列在文件夹“实验6-data”中)，分别指出第3、第6、第11、第21、第27位的氨基酸二级结构类型以及各结构类型的百分比。*有用的参考(1)二级结构类型:α-螺旋(H)β-折叠(E)β-转角(T)无规卷曲(C)(2)蛋白质序列中各符号的意义:Aalanine(Ala)Pproline(Pro)BaspartateorasparagineQglutamine(Gln

3、)Ccystine(Cys)Rarginine(Arg)Dasparticacid(Asp)Sserine(Ser)Eglutamicacid(Glu)Tthreonine(Thr)Fphenylalanine(Phe)UselenocysteineGglycine(Gly)Vvaline(Val)Hhistidine(His)Wtryptophan(Trp)Iisoleucine(Ile)Ytyrosine(Tyr)Klysine(Lys)ZglutamateorglutamineLleucine(Leu)XanyMmethionine(Met

4、)*translationstopNasparagine(Asn)-gapofindeterminatelength二，实验报告的内容：1，基本原理（结构预测的有关内容）二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据，用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。还有将多种预测方法结合起来，获得“一致序列”。总的来说

5、，二级结构预测仍是未能完全解决的问题，一般对于α螺旋预测精度较好，对β折叠差些，而对除α螺旋和β折叠等之外的无规则二级结构则效果很差。2，操作步骤（使用软件anthewin预测蛋白质结构的步骤）3，实验结果(1)答：第2、第5、第11、第17、第19、第21、第29位的氨基酸二级结构类型：第2位第5位第11位第17位第19位第21位第29位氨基酸类型Y（酪氨酸）V（颉氨酸）I（异亮氨酸）H（组氨酸）G（甘氨酸）E（谷氨酸）G（甘氨酸）二级结构类型β-转角(T)β-折叠(E)β-转角(T)β-转角(T)β-转角(T)α-螺旋(H)β-转角(T)各结

6、构类型的百分比：α-螺旋(H)12%β-折叠(E)19%β-转角(T)50%无规卷曲(C)19%（2）答：第3、第6、第11、第21、第27位的氨基酸二级结构类型：第3位第6位第11位第21位第27位氨基酸类型K(赖氨酸)W(色氨酸)I(异亮氨酸)E(谷氨酸)K(赖氨酸)二级结构类型β-折叠(E)β-折叠(E)无规卷曲(C)无规卷曲(C)无规卷曲(C)各结构类型的百分比：α-螺旋(H)0%β-折叠(E)53%β-转角(T)0%无规卷曲(C)47%4，讨论（结果的分析；经验教训；注意事项；心得体会）