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1、生物信息学实验报告姓名：__黄栋_______学号：___030940119____指导老师：___宋晓峰____南京航空航天大学2011年11月27实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。核酸序列数据库：genbank/EMBL-
2、bank/DDBJNCBI网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/EBI网址：http://www.ebi.ac.uk/EMBL网址：http://www.ebi.ac.uk/embl蛋白质序列数据库：SwissProt、ExPASy网址：http://expasy.org/Uniprot网址：http://www.uniprot.org/蛋白质结构数据库：PDB网址：http://www.rcsb.org/pdb/（2）检索练习：ThespikeproteinofSARS-CoronaVirus在NCBI中的核酸记录序列：LOC
3、USCS2444393897bpDNAlinearPAT17-JUL-2006DEFINITIONSequence3fromPatentWO2005118813.ACCESSIONCS244439VERSIONCS244439.1GI:84659113KEYWORDS.SOURCESARScoronavirusORGANISMSARScoronavirusViruses;ssRNApositive-strandviruses,noDNAstage;Nidovirales;Coronaviridae;Coronavirinae;Betacoronavir
4、us.REFERENCE1AUTHORSAltmeyer,R.,Nal-Rogier,B.,Chan,C.,Kien,F.,Kam,Y.W.,Siu,Y.L.,Tse,K.S.,Staropoli,I.andManuguerra,J.C.TITLENucleicacids,polypeptides,methodsofexpression,andimmunogeniccompositionsassociatedwithsarscoronavirusspikeproteinJOURNALPatent:WO2005118813-A2315-DEC-2005;
5、INSTITUTPASTEUR(FR);HongKongPasteurResearchCentreLimited(CN)FEATURESLocation/Qualifierssource1..389727/organism="SARScoronavirus"/mol_type="unassignedDNA"/db_xref="taxon:227859"CDS44..3847/note="unnamedproteinproduct"/codon_start=1/protein_id="CAJ56183.1"/db_xref="GI:84659114"/t
6、ranslation="MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSDTLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFAVSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFLYVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLGINITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYD
7、ENGTITDAVDCSQNPLAELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQ
8、PFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEILDISPCSFGGVSVITPGTNASSE
