生物信息学实验报告.doc

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1、.生物信息学实验报告班级：姓名：学号：日期：..实验一核酸和蛋白质序列数据的使用实验目的了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。教学基本要求了解和熟悉NCBI核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST搜索结果，可以利用PHI-BLAST等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。实验内容提要在序列数据库中查找某条基因序列（BRCA1），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释，回答以下问题：1.该基因的基本功能？2.编码的蛋白质序

2、列是怎样的？3.该蛋白质有没有保守的功能结构域(NCBICD-search)？4.该蛋白质的功能是怎样的？5.该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。实验结果及结论1.该基因的基本功能？Thisgeneencodesanuclearphosphoproteinthatplaysaroleinmaintaininggenomicstability,anditalsoactsasatumorsuppressor.Theencodedproteincombineswithothertumors

3、uppressors,DNAdamagesensors,andsignaltransducerstoformalargemulti-subunitproteincomplexknownastheBRCA1-associatedgenomesurveillancecomplex(BASC).ThisgeneproductassociateswithRNApolymeraseII,andthroughtheC-terminaldomain,alsointeractswithhistonedeacetylasecomplexes.Thispr

4、oteinthusplaysaroleintranscription,DNArepairofdouble-strandedbreaks,andrecombination.Mutationsinthisgeneareresponsibleforapproximately40%ofinheritedbreastcancersandmorethan80%ofinheritedbreastandovariancancers.Alternativesplicingplaysaroleinmodulatingthesubcellularlocali

5、zationandphysiologicalfunctionofthisgene.Manyalternativelysplicedtranscriptvariants,someofwhicharedisease-associatedmutations,havebeendescribedforthisgene,butthefull-lengthnaturesofonlysomeofthesevariantshasbeendescribed.Arelatedpseudogene,whichisalsolocatedonchromosome1

6、7,hasbeenidentified.[providedbyRefSeq,May2009] 2.编码的蛋白质序列是怎样的？[Homosapiens]1mdlsalrveevqnvinamqkilecpiclelikepvstkcdhifckfcmlkllnqkkgpsq61cplcknditkrslqestrfsqlveellkiicafqldtgleyansynfakkennspehlkd..121evsiiqsmgyrnrakrllqsepenpslqetslsvqlsnlgtvrtlrtkqriqpqktsvyi181elgsd

7、ssedtvnkatycsvgdqellqitpqgtrdeisldsakkaacefsetdvtntehhq241psnndlnttekraaerhpekyqgssvsnlhvepcgtnthasslqhenssllltkdrmnve301kaefcnkskqpglarsqhnrwagsketcndrrtpstekkvdlnadplcerkewnkqklpc361senprdtedvpwitlnssiqkvnewfsrsdellgsddshdgesesnakvadvldvlnevd421eysgssekidllasdphealicks

8、ervhsksvesniedkifgktyrkkaslpnlshvten481liigafvtepqiiqerpltnklkrkrrptsglhpedfikkadlavqktpeminqgtnqte541q