柞蚕核型多角体病毒基因组编码VmiRNA的预测与功能分析.pdf

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1、5c{enceof2013，39(2)：0324—0332ISSN0257—4799；CN32—1115／SE—mail：CYKE@chinajourna1．net．on柞蚕核型多角体病毒基因组编码VmiRNA的预测与功能分析李文利林澜王乃红栾雨时(大连理工大学生命科学与技术学院，辽宁大连116024；沈阳药科大学生命科学与生物制药学院，沈阳110016；山西省蚕业科学研究院，山西运城044000)摘要柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)是危害柞蚕的主要病原物之一。病毒microRNAs(VmiRNA)是由病毒基因组编码的小RNA分子，在病毒繁殖及与宿主的相互作用中发挥作用。采用

2、高通量测序Solexa技术测定ApNPV感染柞蚕后的VmiRNA，并通过vMir软件预测ApNPV基因组可能编码的VmiRNA前体序列。在预测得到的16条前体序列中，有13条能够从病毒感染的柞蚕蛹脂肪体中扩增出条带，并有10条能在病毒基因组中找到同源序列。在ApNPVMicroRNASolexa测序数据库中搜索到与这10条前体VmiRNAs相匹配的序列，用RT—PCR方法证明有9条能扩增出大小相应的片段，确定其为病毒基因组编码的VmiRNA的成熟序列。利用靶基因在线预测程序RNAhybrid预测到这些VmiRNA作用的135个可能的靶基因，其中有与免疫应答过程相关的基因36个

3、，与免疫系统进程相关的基因19个，与免疫调节相关的基因8个，与免疫系统发育相关的基因9个。推测这些ApNPV基因组编码的VmiRNA在病毒与宿主之间的相互作用中扮演重要角色。关键词柞蚕核型多角体病毒；Solexa测序；VmiRNA；靶基因中图分类号$885．1；Q78文献标识码A文章编号0257—4799(2013)02—0324—09PredictionandFunctionalAnalysisofVmiRNAEncodedbyGenomeofAntheraeapernyiNucleop0IyhedrOVlrusLIWen—LiLINLanWANGNai—Hong。LUAN

4、Yu—Shi’(SchoolofLifeScienceandBiotechnology，DalianUniversityofTechnology，DalianLiaoning116024，China；SchoolofLifeScienceandBio—pharmaceutics，ShenyangPharmaceuticalUniversity，Shenyang110016，China；。ShanxiInstituteofSericulture，YunchengShanxi044000，China)AbstractAntheraeape，_厂，，nucIeopolyhedroV

5、irus(ApNPV)isoneofthemajorpathogensinfectioustoAntheraeapernyi．ViralVmiRNAsaresmallRNAmoleculesencodedbyvirusgenome，whichplayimportantrolesinvirusreplicationandvirus—hostinteractionInthisstudy，thesolexahigh—throughputsequencingtechnologywasemployedtodetermineVmiRNAsinAntheraeapembeinginfect

6、edbyApNPVandvMirsoftwarewasusedtopredictpotentialVmiRNAprecur—sorsequencesencodedbyApNPVgenome．Amongthe16predictedprecursorsequences．13couldbeamplifiedfrOmAntheraeapernyipupalfatbodywithApNPVinfection．and10ofthemhadhomologoussequencesintheviralgenome．Sequencesmatchingthese10precursorVmiRNAs

7、wereobtainedfromsearchesinthedatabaseofsolexasequencingre—suit，and9ofthemwereverifiedbyRT—PCRtoyieldfragmentsofcorrespondentsizes，displayingthattheywerematureVmiRNAsequencesencodedbyApNPVgenome．These收稿日期：2012—11—23接受日期：2012—12—06matureVmiRNAswerepredicte