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1、ImageJ在显微成像中的应用介绍1、关于ImageJImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由NationalInstitutesofHealth开发的。可运行于MicrosoftWindows，MacOS，MacOSX，Linux，和SharpZaurusPDA等多种平台。其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF,PNG,GIF,JPEG,BMP,DICOM,FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗
2、口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。下载地址：http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html2、Image界面界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。菜单栏菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。文件和officeword等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（reve
3、rt），可以直接回到上次保存过的状态。由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。编辑Undo,Cut,Copy,Copytosystem,Paste,PasteControl..,Clear,ClearOutside,Fill,Draw,Invert,Selection,Options.图像Type（可改变图片格式，如彩色变灰度）,Adjust,Showinfo,Properties,Color,Stacks,Hyperstacks,Crop,Duplicate..,Rename,Scale,Transform,Zoom,O
4、verlay,LookupTables.处理Smooth,Sharpen,FindEdges,FindMaxima,EnhanceContrast,Noise,Shadows,Binary,Math,FFT,Filters,Batch,Imagecalculator,SubtractBackgroud,RepeatCommand.分析Measure,AnalyzeParticles,Summarize,Distibution,Label,ClearResults,Setmeasurements,SetScale,Calibrate,Histogram,PlotPr
5、ofile,SurfacePlot,Gels,Tools.窗口和帮助工具栏工具栏从左至右分别是4种区域选择工具，直线选择工具，角度工具，点工具，魔棒，文字，放大镜，拖手，颜色吸管，动作宏，菜单宏，绘图工具等（颜色吸管以后的内容可以变化，通过点击最右边的>>按钮选择需要的栏目。不同的按钮可以进行测量，画图，标记，填充等操作。双击左键或单击右键可以扩展按钮的功能，如双击文字可以选择字体和大小等。4种区域选择工具分别是方形，椭圆形，多边形和任意形状。选择之后，这些区域可以进行改变，分析，拷贝等。工具栏下的状态栏可以显示坐标信息。直线工具：可以画直线、分段或任意形状的线（
6、右键选择线的类型），双击该按钮可以改变直线的宽度。选择分析测量Analyse→Measure(orCtrl+M)可以记录线的长度，使用Edit→Draw(orCtrl+D)可以使直线永久保留。角度工具：点击角度按钮后可以画相交的直线可以测量形成的角度，在状态栏可显示，选择分析测量Analyse→Measure(orCtrl+M)，在结果窗口中显示角度。点工具：当自动测量（Auto-Measure）开启（默认是开启状态）时，可以在状态栏显示图标所在位置的坐标和亮度，也可点击某点，选择分析测量Analyse→Measure(orCtrl+M)，可以在结果窗口显示上述指
7、标。如果是RGB图，显示红色，绿色和蓝色的亮度（0-255），如果是灰度图片，根据选择图片格式8位（8bit）或16位（16bit），数值不同。8位最大值255，16位为65535（图片格式知识可见下述小知识栏）。魔棒：魔棒工具和photoshop里的类似，可以自动发现目标的边界并勾勒出形状。当图像明暗对比明显时尤为有用。有时可配合阈值(Thresholding)使用。文字：双击文字按钮可以选择字体和大小。单击按钮并按住左键拖出文本框，可以键入需要的文字，文字颜色使用颜色吸管来选择。Edit→Draw(orCtrl+D)，将固定并永久保留文本。放大镜：左键放大，右
8、键缩小。拖
