Asia 1型口蹄疫病毒VP1蛋白进化踪迹分析-论文.pdf

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1、第36卷第8期中国预防兽医学报VO1．36．No．82014年8月ChineseJournalofPreventiveVeterinaryMedicineAug．2014doi：10．39698．issn．1008—0589．2014．08．08Asia1型口蹄疫病毒VP1蛋白进化踪迹分析牛银杰，王靖飞(中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室，黑龙江哈尔滨150001)摘要：为预测口蹄疫病毒(FMDV)VP1蛋白的重要功能残基，本研究利用进化踪迹及蛋白结构同源建模等方法对91株Asia1型FMDV的VP

2、1氨基酸序列进行分析，结果显示91个病毒株分属于B、C和D分支，2005年~2006年分离株处于另一个分支，命名为E分支。以l0分区分析进化树，其34个组特异残基，其中、s、-6L、BA、-9L、DA、R、”、v、5N和6R分布于G．H环区域，预测它们与抗原性和受体结合特性有关；B、C、D和E4个分支的组内特异残基分别为S、G、6H；9I-i、“P、46M、S、69N；01、5A和、S、¨oS、s-R，这些残基为各分支的分子标识；组特异残基5V、0L、S、7A分布于VP1和其他结构蛋白的作用界面，可能对病毒的装配具有重要

3、作用。本研究结果为FMDV的VP1功能研究提供了参考数据。关键词：Asia1型口蹄疫病毒；VP1蛋白；踪迹进化分析；同源建模中图分类号：$852．65文献标识码：A文章编号：1008—0589(2014)08．0615-05EvolutionarytraceanalysisoftheVP1proteinoffoot-and—mouthdiseasevirusserotypeAsia1NI-UYin-jie，WANGJing—fei(StateKeyLaboratoryofVeterinaryBiotechnology，H

4、arbinVeterinaryResearchInstituteChineseAcademyofAgriculturalSciences，Harbin150001，China)Abstract：TopredictimportantfimctionalresiduesinvPlproteinoffoot-and—mouthdiseasevirus(FMDV)．VPIaminoacidsequencesof91serotypeAsialstrainswereanalyzedbyusingevolutionarytracean

5、dproteinhomologymodelingmethods．TheresultsshowedthatmostoftheisolatesbelongedtothepreviousclassificationofB，C，andDbranch，however，anewbranchmainlycomposedwiththeisolatesfrom2005to2006wasnamedasE．While，thirty-fourclassspecifictraceresidueswerefoundbyanalyzingthetre

6、ewith10partitions，andaminoacidresiduesof4oS，S，，，，UA，R，2R，53v，5Nand6RwerefoundintheG—HloopofVP1whichwerepredictedtobethefunctionalresiduesrelatedwithantigenicityandreceptor-bindingspecificity．Evidently，theclassspecificresiduesofS，Gandmightbeservedasmolecularmakers

7、forbranchB，9H，P，46M，。Sand69NforbranchC，01，”5AforbranchDand99N，S，S，RforbranchE，respectively．ClassspecificresiduesV，80L．Sand7AwerelocatedattheinterfacesbetweenVPlandotherstructuralproteinsandmightplayimportantrolesinvirusassembly．Thoseresultsprovidereferencesforthe

8、functionalstudyofFMDVVP1protein．Keywords：Asia1serotypefoot—and—mouthdiseasevirus；VP1protein；evolutionarytraceanalysis；homologymodeling*Correspondingauthor收稿日期：