基于454 GSFLX高通量测序的芒果微卫星标记特征分析.pdf

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1、南方农业学报JoumalofSouthernAgriculture2015，46(10)：1745-1749IjsNj095：l19l：coDENNNXAABhnp：／／www-nfnyxb。””———————————————————————————一————————————————————————————————一——DOI：10．3969／j：issn．2095-1191．2015．10．1745基于454GSFLX高通量测序的芒果微卫星标记特征分析王明，应东山，王琴飞，李莉萍，黄建锋，张如莲+(中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所／农业部热带作物种子种苗质量监督检验测试中心，

2、海南儋州571737)摘要：【目的】研究芒果基因组SSR的总体特征，开发芒果SSR标记，为SSR标记在芒果种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。【方法】利用新一代454GSFLX高通量测序技术结合SSR文库构建法，得到19611条无冗余的序列，对其进行SSR搜索，共获得8831条SSR。利用Primer5．0软件设计SSR引物，并以筛选的引物对24份芒果种质进行多样性分析。【结果】在芒果SSR中，二核苷酸(5980个SSR)和三核苷酸(2451个SSR)占主导地位，所占比例分别为67．85％和27．81％；出现频率最高的二核苷酸重复基元是AC／GT，占总数的17．94％，出

3、现最高的三核苷酸重复基元为TTC／GAA，占5．07％。随机选择50个SSR位点合成引物，经24份芒果种质筛选鉴定，21对引物可扩增获得产物，有效扩增率为42．00％；其中17对引物表现出良好多态性，占有效引物的80．95％，占总引物的34．00％。在17对多态性引物中，每对引物扩增等位基因数2～12个，产生的多态性片段为2～7个，多态性比例为50％～100％。【结论】454GSFLX高通量测序开发SSR引物有较好的实用性，开发获得的17个具有多态性的芒果SSR标记可用于研究芒果及其相关近缘物种的遗传变异。关键词：芒果；454GSFLX高通量测序；SSR标记；文库构建法；多态性中图分类

4、号：$667．7文献标志码：A文章编号：2095一1191(2015)10—1745—05Developmentandcharacteristicsanalysisofmicrosatellitemarkerinmango(MangiferaindicaL．)byusing454GSFLXhigh—throughputsequencingWANGMing，YINGDong-shan，WANGQin-fei，LILi-ping，HUANGJian-feng，ZHANGRu-lian+(TropicalCropsGeneticResourcesInstitute，ChineseAcadem

5、yofTropicalAgriculturalSciences／QuanlityControlandTestCentreforSeeds&SeedlingsofTropicalCrops，MinistryofAgriculture，Danzhou，Hainan571737。China)Abstract：【Objective】ThepresentstudywasconductedtocharacterizeanddevelopSSRmarkersinmangogenomeinordertolayafoundationforgermplasmresourceevaluation，linka

6、gemappingandgeneticimprovementofmango．【Method】Thenew—generation454GSFLXTitaniumpyrosequencingtechnologywasusedforisolatingamicrosatellite—en—richedlibrarymangogenome．Intotal，19611non—redundantsequenceswereisolatedand883lSSRswereidentified．SSRprimersweredesignedbyusingsoftwarePrimer5．Fiftyrandoml

7、yselectedSSRmarkerswereusedforanalyzingthegeneticdiversityamong24mangoaccessions．【Result】TheanalysisresultsofSSRmotifsrevealedthat，thedinucleotides(5980SSRs)andtrinucleotides(245lSSRs)werepredominanteina11motifs，whichaccount