基于454测序核桃基因组微卫星和核苷酸变异序列的特征分析

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1、分类号S722.3学位代码309密级学校代码10298学号3120442南京林业大学研究生硕士学位论文论文题目：基于454测序核桃基因组微卫星和核苷酸变异序列的特征分析作者：廖卓毅专业：森林培育研究方向：林木种苗指导老师：李淑娴研究员二○一五年六月学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下进行的研究工作所取得的成果。尽我所知，除文中已经特别注明引用的内容和致谢的地方外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式注明并表示感谢。

2、本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文出版授权书本人及导师完全同意《中国博士学位论文全文数据库出版章程》、《中国优秀硕士学位论文全文数据库出版章程》（以下简称1程”，见WWW.cnki.net),愿意将本人的学位论文提交“中国学术期刊（光盘版）电子杂志社”在《中国博士学位论文全文数据库》、《中国优秀硕士学位论文全文数据库》中全文发表和以电子、网络形式公开出版，并同意编入CNKI《中国知识资源总库》，在《中国博硕士学位论文评价数据库》中使用和在互联网上传播，同意按“章程”规定享受相关权益。论文密级：公开□保密（__年

3、_月至_年_月）（保密鲶#像疮式在斛密后裘違守此你试）作者签名:导师签名:年6月，曰年‘月Iy日致谢本文是在导师李淑娴教授的悉心指导下完成的。从论文的选题、研究方案的定制、论文的修改和定稿，无一不倾注着导师大量的心血。值此论文即将付梓之际，向李老师致以真诚的谢意。无论是学习上还是生活上，李淑娴老师都是一位良师益友，她严谨的治学态度、渊博的知识、创新的思维和高尚的人格给我留下了深刻的印象，是值得终身收藏的财富，并将使我受益终身。科研上，李老师夙夜在公、刻苦钻研，给我树立了很好的榜样，也激励着我对科研的不断探索；而在生活中，李老师

4、总是处处帮助我、开导我，让异乡求学的我感受到了亲人般的温暖。在即将走出校园的一刻，谨向李老师说一句：老师，您辛苦了，谢谢您！同时，这篇论文的完成还要感谢尹佟明教授。尹老师在学术上的严谨思维以及睿智大度的处事风格从学识上、人生上都给我以极大的启迪。在我进入实验室之初，他就给我们制定了很严格的学习任务，让我们静下心来好好学习研究领域内的文献成果，而不是急于求成，慌忙地投入到试验中，正是由于这样的厚积薄发，使得我在之后的实验和论文写作中能够得心应手，避免了很多的徒劳之功。此外，我还要感谢在实验过程中给我以极大帮助和指导的戴晓港老师、

5、陈赢男老师、冯凯师兄和张得芳师姐，没有他们的指导和帮助，我根本无法完成这次课题的实验和数据处理部分，而且他们在我的论文撰写和修改中也给予了很大的帮助。还要感谢种子中心的所有老师和同学们，感谢同门的马秋月师姐、钱存梦师妹、周健师弟、代松师弟、苏友谊师弟，他们就如同我的家人一样，在学习和生活中给我带来了很多感动和欢乐，让我觉得自己是一个非常幸福和幸运的人。还要感谢这三年来待我一直如兄弟般的舍友和同学：吕昕、魏宏亮、张林杰、曹凡、王克春、徐杰、洪森先、陈鑫等等，有机会我们再把酒言欢！最后，我要感谢我的父母和家人，谢谢你们对我的宽容和

6、付出，我无以回报！特别感谢我的女朋友黄玲玲，谢谢你这些年来默默的陪伴和支持，让我可以更加勇敢地去面对生活中的阴霾。谁言寸草心，报得三春晖！诚惶诚恐之际，希望通过这篇论文以自勉！作者：廖卓毅二○一五年六月摘要核桃(JuglansregiaL.)，属胡桃科核桃属，是我国重要的经济树种。本研究利用454测序平台对核桃部分基因组进行测序，获得104.5Mb基因组序列长度。经序列拼接，得到541,176条reads，共计194,024,314个碱基，read平均读长为359bp。通过454测序平台自带软件对序列拼接后获得31,362条c

7、ontigs(≥100bp)，总数据位15.1Mb。在此基础上进行微卫星(SSR)和核苷酸多态性变异序列(SNP和InDel)发掘，得到以下结果：1、对查找到的9,787个SSR进行分析，发现在所有重复类型中，六碱基重复类型的SSR数量最多，共5,883个，占SSR总数的60.11%；其余重复类型的微卫星序列中，单碱基微卫星1,289个，占微卫星总数13.17%；二碱基微卫星768个，占微卫星总数7.85%；三碱基微卫星549个，占微卫星总数的5.61%；四碱基微卫星889个，占微卫星总数的9.07%；五碱基微卫星409个，占

8、微卫星总数的4.18%。2、对不同重复类型微卫星的优势重复单元分析发现，单碱基、二碱基和三碱基微卫星中，A/T，AT/TA和AAT/ATT是主要的优势重复类型；四碱基、五碱基和六碱基重复类型中，AAAT、AAAAT和AAAAAT是主要的优势重复类型。核桃微卫星序列中，A/T碱